1991年，上海市建立金山三岛保护区。杭州湾的金山三岛保留着上海地区极为珍贵的自然原始本底状态，空气、土壤、植被未受污染。这里生物种类繁多，区系成分比较复杂，建立金山三岛保护区，主要保护典型亚热带常绿阔叶林为代表的植物群落。1997—2000年，上海市开展湿地资源调查。调查显示：上海的滩涂湿地主要分布在边远地区，交通不便，人烟稀少，植被茂盛，生物多样性丰富，许多沙岛至今没有人类居住（如九段沙、青草沙等），保存了较为完好的生态系统。上海的湿地养育了上海70％～80％的野生动植物种，为近400种鸟类、250多种鱼类、200多种底栖动物和近150种水生植物提供良好的栖息环境，是上海城市生物多样性典型的集中区域。世界自然基金会将长江河口与东海形成的“T”型结合部列为具有国际意义的生态敏感地区和全球湿地生物多样性保护238个热点地区之一，同时该地区也是迁徙水鸟集中停歇、越冬的栖息地，重要鱼类的洄游、繁育地，维持着许多重要物种生活史的关键阶段。崇明东滩、九段沙和南汇边滩都是鸟类的乐园，是鸟类迁徙和越冬的重要区域，多次记录到国际或国家濒危保护鸟类，如白鹳、白头鹤、小天鹅等。该区域水生生物丰富，是许多重要的水产动物的育肥、繁殖区，又是中华鲟幼鲟索饵肥育和洄游的通道，受到各级政府的高度重视，1998年后，相继建立崇明东滩保护区、九段沙湿地保护区、长江口中华鲟保护区和南汇东滩禁猎区，以及崇明西沙、东滩等湿地公园，保护该地区的生物多样性。至2010年，全市受保护管理的自然保护区、重要湿地和野生动植物主要栖息地的保护规划面积达31.14万余公顷，使全市约22％的自然湿地生态系统、80％的野生动植物种群得到保护和管理。(www.daowen.com)