2007年起，为推进湿地生态修复工作，上海连续开展湿地生态治理与修复科学研究，主要有崇明东滩鸟类国家级自然保护区互花米草生态控制与鸟类栖息地优化关键技术研究、南汇滩涂湿地物种栖息地营造及湿地动态保育对策研究、淀山湖区域（以大莲湖为核心）湖滨带污染控制及湿地修复示范、上海市湿地资源调查与监测评估体系研究、长江口湿地保护和合理利用对策研究、上海市湿地保护与修复工程技术指导意见研究。同时，上海在崇明、青浦、浦东新区、金山、宝山和普陀等区县建立总面积700余公顷的湿地生态治理与修复示范区和实验基地，有崇明东滩湿地生态保育与修复示范区、青浦淀山湖湖滨带污染控制及湿地修复示范区、浦东新区南汇东滩水鸟栖息地修复示范区、崇明西沙湿地保护与利用双赢模式实践区、上海市化学工业区恢复湿地与自然污水净化系统、苏州河整治与修复梦清园湿地、修复钢渣废料堆场湿地的炮台湾湿地、上海市实业集团公司崇明东滩湿地园区退化湿地修复区和黄浦江后滩湿地生态恢复与重建等。

【上海西郊淀山湖湿地修复示范区】

2008—2010年，由市林业局、青浦区政府、世界自然基金会、华东师范大学、南京大学等合作建设。该工程为上海市西郊淀山湖湿地生态修复一期工程的示范工程，建设地点位于大莲湖东南侧朱家角镇（安庄村）和金泽镇（莲湖村），面积41.67公顷。在开展土地利用和生境调查、鸟类调查、两栖动物和爬行动物调查、鱼类调查、底栖动物密度调查基础上，示范工程采取土地塑造与河道水系调整、湖滨带植物群落恢复、农业面源污染防治、生态化种养改造、湿地生物多样性保育等技术措施，改造养殖鱼塘6.16公顷，精养鱼塘被开放性水塘代替，通过河道连接形成相互沟通的水系，不同水体之间的流动性增强；种植池杉18公顷，增加大型乔木面积，扩大原有湿地森林，生境更加多样化；栽植水生植物8公顷，挺水植物和沉水植物群落面积增加，形成林地到灌木到草丛到水生植物的完整的梯度变化，生境由破碎变成较完整的生态系统。示范工程后数次进行调查：鸟类记录到105种，占淀山湖群区域鸟类总数的57.38％，比工程前增加15种，记录到白胸翡翠、栗腹歌鸲、小隼等3种上海地区新出现鸟类。雁鸭类在示范工程前难以见到，工程后被多次记录到，增加的种类有白眉鸭、白秋沙鸭、白眼潜鸭、罗纹鸭。两栖类动物记录到5种，有中华大蟾蜍、泽蛙、金线蛙、黑斑蛙和姬蛙，每个种类记录到的总个体数，均高于示范工程前的数量。爬行动物记录到7种，有多疣壁虎、赤链蛇、乌梢蛇、红点锦蛇、黑眉锦蛇、枕纹锦蛇和短尾蝮。鱼类调查共捕获鱼类24 061尾，隶属11科、17属、22种，首次记录到国家二级保护动物松江鲈鱼3条。示范工程较好地解决大莲湖湿地生境破碎、生态系统结构较差的问题，工程区域内水质得到改善，湖滨带植被得到恢复，生物多样性得到增加，湿地景观初步形成，示范工程取得明显成效，为整个上海西郊淀山湖湿地修复工程乃至太湖流域水环境综合治理提供可推广的范例。(www.daowen.com)

【崇明东滩湿地互花米草生态治理示范区】

2008年起，市林业局会同复旦大学、华东师范大学等单位，以崇明东滩北八滧100公顷芦苇区作为示范区，采用“围、割、淹、晒、调、种”等六大综合治理方法，开展互花米草生态控制和鸟类栖息地优化关键技术实验，提出互花米草控制和土著种芦苇恢复的技术规程和4项综合技术。该工程为崇明东滩互花米草生态治理和鸟类栖息地优化工程的示范工程。至2010年年底，示范工程建设取得良好的治理效果，鸟类栖息数量和种类逐渐增多，记录到44种、5 000余只，有珍稀濒危鸟类鸳鸯和候鸟里的“大熊猫”黑脸琵鹭等。示范工程建设验证了采取六大综合治理方法对互花米草进行生态治理的科学性和有效性，为大范围互花米草生态治理和鸟类栖息地优化打下基础（详见第六章　上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区　第三节　生态修复）。