1995年，林业部下达在全国范围内开展湿地资源普查任务。1996年，市农业局启动上海地区湿地资源普查前期准备工作。1997年10月，市农林局成立由局野生动植物保护处、市野生动物保护站和上海师范大学地理系、生物系有关专家教授、管理人员共11人组成市湿地资源调查组。根据《全国湿地资源调查与监测技术规程》（以下简称《全国技术规程》），编制《上海市湿地资源调查计划》和《上海市湿地资源调查和监测技术细则》（以下简称《上海技术细则》）。1998年1月—2000年8月，调查组按照《全国技术规程》《上海技术细则》要求，开展湿地资源调查和研究，形成20余万字的《上海市湿地资源调查报告》，对上海湿地资源现状和保护利用状况，湿地植物区系和种类、植被类型和分布，湿地野生动物特点、种类和分布状况进行总结，提出保护对策和建议。调查显示：上海地区湿地（－5米以上）总面积31.97万公顷，约占上海国土面积（含陆地及近海和海岸湿地）34％，根据《全国技术规程》划分，全市湿地类型分成近海及海岸湿地、河流湿地、湖泊湿地和人工湿地四大类27块。

2000—2003年，市农林局和浦东新区环保局委托复旦大学、华东师范大学、上海师范大学、上海水产大学、东海水产研究所、上海市环境科学研究院等高校和科研机构开展崇明东滩保护区、九段沙湿地保护区的科学考察。2003年、2004年先后出版《上海市九段沙湿地自然保护区科学考察集》《上海市崇明东滩鸟类自然保护区科学考察集》。(www.daowen.com)

2004年2月，《上海湿地》出版发行，该书在湿地资源调查研究基础上，全面系统地总结上海市湿地资源现状和保护利用状况，为上海市湿地保护和湿地资源利用开发提供大量基础性资料。