1996年，中澳双方17名水鸟科研工作者合作在崇明东滩开展水鸟研究和环志工作，编制《崇明东滩鸟类自然保护区湿地优先行动项目》。同年，市野保协会“崇明东滩生态环境与合理开发的关系研究”课题获上海市科技进步二等奖。

2005年，市林业局会同复旦大学研究编制《上海湿地系统规划编制研究报告》，通过专家评审，提出到2010年，规划建设自然保护区、湿地公园、具有特殊科研价值栖息地面积占国土面积的比例达到9.57％，湿地保有率提高到30％，基本保持长江口、杭州湾湿地以及内陆主要湖泊湿地生态特征和生态服务功能，为生态型城市提供比较优异的基础生态空间，为上海举办2010年世博会奠定良好的环境基础。

同年，为落实市政府关于编制《上海市湿地保护规划》，并与城市总体规划、土地利用规划、滩涂利用规划和海洋功能区划衔接的要求，市林业局会同国家林业局华东林业调查规划设计院，以及上海有关部门、区县政府编制《上海市湿地保护和恢复规划（2006—2015）》，以上海市生态安全、湿地生态系统保护和湿地生态恢复为重点，以统筹规划、分期实施，政府调控、市场调节，重点突破、全面推进，科教支撑、不断创新为原则，加大湿地生态系统保育力度，增强湿地保护行业能力建设，提高湿地抵御台风、风暴潮等自然灾害的能力，保护湿地生态系统，恢复湿地生态功能。规划目标为建立湿地生态安全调控区，形成国际重要湿地、国家重要湿地、自然保护区、湿地公园以及具有特殊科学研究价值栖息地的湿地网络，基本保持长江口、杭州湾湿地以及内陆主要湖泊湿地的生态特征和生态服务功能，为生态型城市提供优异的基础生态空间。建设规划为规划期内自然湿地保有率不小于34％；受保护和管理的自然湿地，至2010年约占国土面积13％，至2015年约占国土面积15％；在已建4个自然保护区的基础上，新建3个湿地自然保护区、5个湿地公园、3个具有特殊科学研究价值的野生动物栖息地；开展退化湿地生态系统的修复和重建；建立自然湿地定位监测一级台站11个、二级监测台站10个、一般监测台站28个和鸟类环志工作基地5个；建立湿地生态系统健康质量监测服务平台。(www.daowen.com)

2008年，市绿化市容局组织开展长江口湿地保护和合理利用对策研究，形成《长江口湿地保护和合理利用对策研究报告》。同年12月29日，邀请国家林业局湿地保护管理中心（中华人民共和国国际湿地公约履约办公室）、复旦大学、上海交通大学和华东师范大学的专家对“研究报告”进行了论证。“研究报告”综合长江口湿地保护现状和上海土地资源短缺的实际情况，针对长江口湿地面临的问题，提出以优先保护、动态保护、分级保护为基本原则，协调滩涂湿地生态保护与利用之间的关系。在加快湿地保护立法、建立湿地分级管理体系、编制上海湿地生态经济功能区划、建立湿地保护长效管理机制、建立上海湿地资源信息管理系统、严格控制长江口湿地的水体污染、加强湿地生态系统健康质量监测体系建设等方面提出建议。“研究报告”为上海长江口湿地保护和合理利用、建设生态文明和实现可持续发展提供借鉴和依据。

2010年1月20日，市政府公布由市林业、规划、环保、水务等部门和有关区县政府编制的《崇明生态岛建设纲要（2010—2020）》，并于3月4日下发通知。纲要提出加强生态岛湿地、林地、绿地的保护与建设目标，至2012年，占全球种群数量1％的水鸟物种数达到7种，生态保护地面积比例达68.7％，自然湿地保有率上升为43％。