1978年后，上海市在合理利用湿地的同时采取各种措施保护湿地资源。1991年起，先后建立4个自然保护区，加强自然湿地建设和管理。1998—2000年，市农林局组织开展上海湿地资源调查。2000年，崇明岛、长兴岛和横沙岛、金山三岛3处湿地被列为国家重要湿地。2002年，崇明东滩被确定为国际重要湿地。2003年，市农林局、世界自然基金会（WWF）、国家林业局保护司签署“可持续管理上海崇明东滩鸟类自然保护区、为中国其他湿地类型自然保护区建立示范的合作项目”协议书，三方首次合作实施国际重要湿地保护项目。

2004年，市政府办公厅下发《关于加强湿地保护管理的通知》，加强自然湿地保护监管，建立长效管理机制，依法制止、打击各种破坏湿地的违法行为。同时，建立上海市湿地保护与合理利用联席工作会议制度，联席会议办公室设在市林业部门，负责全市湿地保护和合理利用日常工作。

2005年，市十二届人大常委会第二十三次会议修订的《上海市环境保护条例》第四十二条规定：“本市禁止开垦占用列入国际重要湿地名录和国家重要湿地名录以及位于自然保护区的自然湿地，并不得随意改变湿地的用途；对滩涂等其他湿地的开发利用，应当进行环境影响评价和科学论证。”同年起，根据市人大代表提出的“建议制定统一湿地保护管理的地方性法规”的议案，上海开展湿地保护立法前期调研工作，编写《上海湿地保护与利用现状的研究》《国内外湿地保护立法比较研究》《上海湿地立法调研报告》和《上海湿地保护管理条例（草案）》。完成《上海市湿地保护和恢复规划（2006—2015）》《上海市湿地系统保护规划研究报告》编制工作。

2006年，市林业局与国际环境保护组织开展合作，推动湿地保护事业发展。与世界自然基金会联合举办上海淡水湿地保护国际研讨会，就建立湿地培训基地、开展培训工作和青浦淡水湿地保护达成合作意向。美国大自然保护协会设立上海湿地保护项目。同年起，市林业局每年委托华东师范大学河口海岸科学研究院国家重点实验室，采用3S技术开展湿地资源变化情况监测，编制上海市湿地资源监测年度报告。(www.daowen.com)

2007年11月，国际湿地公约秘书长安纳德·特艾格考察上海崇明东滩国际重要湿地，认为中国中央和地方政府在履行《国际湿地公约》、加强国际重要湿地保护管理方面做了大量卓有成效的工作，为发展中国家履行公约的责任和义务树立了良好的典范。12月，市林业局与世界自然基金会签署《关于上海湿地保护2007—2011年合作框架协议》。世界自然基金会分别与青浦区政府、崇明东滩保护区就共建淀山湖湿地生态恢复工程、国家示范自然保护区签署5年合作备忘录。同年长江口中华鲟保护区被确定为国际重要湿地。市林业局组织实施崇明东滩湿地保育与修复示范区、西郊淀山湖湿地修复示范区等工程，总面积700余公顷。上海市开展“世界湿地日”宣传活动。相继完成《上海市〈中国湿地保护行动计划〉优先项目》《上海市野生动植物及湿地保护十一五发展规划》《上海市湿地公园发展规划》等编制工作。

至2010年，市林业局与高校合作共建全球碳通量崇明东滩野外观测站、长江河口湿地生态系统研究野外站等4个平台，建立起湿地资源调查、评价指标和监测评估体系，建成以“3S”技术为基础的全市湿地资源信息管理系统和全市统一的数据分析、处理、发布平台，调查监测全市湿地资源的保护和利用现状，湿地保护管理科研支撑取得新的突破。全市最大的2处湿地自然保护区晋升为国家级自然保护区，5块湿地被列为国际和国家重要湿地，建立或规划建设的湿地鸟类禁猎区、淡水湿地恢复区、滨海湿地保育区、处理污水人工湿地和城市湿地公园共10处，面积达到1.2万公顷。开展湿地保护修复工程技术研究，崇明东滩保护区互花米草控制与鸟类栖息地优化工程示范区、上海西郊淀山湖湿地修复示范工程和南汇滩涂湿地水鸟栖息地营造示范区取得较好的示范效果。编制《上海市湿地系统保护规划》，将湿地纳入《上海市基础生态网络结构规划》，持续推进湿地资源保护与管理。

2011年1月21日，市十三届人大四次会议批准《上海市国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》，首次将湿地保护列入规划纲要，提出“保护海洋生态和滩涂湿地。科学开发利用滩涂资源，实施湿地动态保护，实现湿地保有量动态平衡。加强野生动植物及栖息地保护，推进崇明东滩鸟类国家级自然保护区、九段沙湿地国家级自然保护区、长江口中华鲟自然保护区和金山三岛自然保护区建设”。