1978—1991年，上海市对野生动植物驯养繁殖和人工培植管理尚未实施行政许可管理制度，根据国家有关规定，以开展宣传教育活动为主。1991年，市农业局向郊区各区县和各有关单位转发《林业部关于发布国家重点保护野生动物驯养繁殖许可证管理办法的通知》，同时对野生动物资源以及驯养繁殖国家保护野生动物的单位和个人开展调查。1992年，市农业局下发《关于开展办理〈国家重点保护野生动物驯养繁殖许可证〉的通知》，要求凡从事国家重点保护野生动物驯养繁殖的单位和个人，必须依法申请办理《国家重点保护野生动物驯养繁殖许可证》（以下简称《国家驯养繁殖许可证》）。

1993年，上海郊区有近3万农户饲养特种经济动物，其中有数百种国家或地方重点保护野生动物。按照尊重历史、分类管理、逐步规范、依法养殖的要求，实施驯养繁殖许可证规范管理。全年组织开展两次执法大检查，继续加强野生动物驯养繁殖管理。1996年，全市有26家养殖单位依法申领驯养繁殖许可证。1997年，市农林局会同市工商局等部门对已核发驯养繁殖、经营利用许可证的60多家单位进行清理整顿，重新核发证书17家。全市获得《国家驯养繁殖许可证》《上海市重点保护野生动物驯养繁殖许可证》（以下简称《上海驯养繁殖许可证》）的单位分别为22家、5家。1999年，核发驯养繁殖许可证30份。

2000年，加强对市郊野生动物驯养繁殖场的管理，核发驯养繁殖许可证17份。2001年，市农林局下发《关于加强野生动物驯养繁殖管理的通知》，对依法开展野生动物驯养繁殖活动做出具体规定。对国家、地方重点保护野生动物养殖单位、动物种类、引种来源、存栏数量和产品经营情况组织开展调查和清理整顿，依法加强野生动物驯养繁殖管理工作。至2003年，全市有50个单位申领《国家驯养繁殖许可证》。同年起，上海市开展野生植物培育监管工作，全市培育野生植物有铁皮石斛、蝴蝶兰和大花蕙兰等10多种，数量数百万株。2005年，全市对38家野生动物驯养繁殖单位开展年度定期检查。

2006年，上海对野生动物驯养繁殖单位开展全面调查。调查显示：全市有111家野生动物驯养繁殖单位，其中养殖国家重点保护野生动物的单位有65家，办理《国家驯养繁殖许可证》有49家，办证率为75.4％。同年，根据国家林业局部署，全市开展敏感活体野生动物驯养繁殖情况调查，对上海动物园、上海野生动物园、上海杂技团、杨浦公园、和平公园、申隆生态园、上海大学依法驯养繁殖的虎、豹、狮、象、野马、野驴、羚牛、大熊猫、小熊猫、熊、猩猩、长臂猿、金丝猴、叶猴、鹤、鹳、天鹅等17种、807头敏感活体野生动物驯养繁殖和个体信息进行全面调查统计。(www.daowen.com)

2008年，全市有101家野生动物驯养繁殖单位，其中养殖国家重点保护野生动物的单位有55家，其中办理《国家驯养繁殖许可证》有48家，办证率为87％。2009年，全市有103家野生动物驯养繁殖单位，其中养殖国家重点保护野生动物的单位有59家，办理《国家驯养繁殖许可证》有54家，办证率为91.5％。同年，分别对8区1县25家驯养养殖国家重点保护野生动物的单位开展实地检查，严格行政许可后续监管。

2010年1月，市林业局对非实验用猴驯养繁殖和经营利用情况进行调查，全市有9家非实验用猕猴和食蟹猴养殖单位，种群数共242只（其中食蟹猴7只）。7月26日，国家林业局下发《关于对野生动物观赏展演单位野生动物驯养繁殖活动进行清理整顿和监督检查的通知》后，市林业局会同国家林业局驻上海森林资源监督办事处制定工作方案，组织开展全市范围专项清理整顿和监督检查工作。经调查梳理，将上海动物园、上海野生动物园等21家单位作为此次清理整顿和监督检查的工作对象。按照工作方案，全市分单位自查、区县保护管理部门现场核查、市保护管理部门及监督办抽查3个阶段开展工作，对发现的问题及时提出整改措施。至2010年年底，全市有106家野生动物驯养繁殖单位，其中养殖国家重点保护野生动物的单位有69家，办理《国家驯养繁殖许可证》有64家，办证率为92.8％。全市有10个兰科植物培植场，年出口兰科植物达2 845万株，贸易额6 230万元。