1979年，市农业局内设林业处，负责野生动植物保护管理，有一名干部兼管这项工作。全市野生动植物保护管理力量较为薄弱。1986年，上海市野生动物保护协会成立。1990年，国家濒管办上海办事处改设市农业局，与市农业局林业处合署办公，1991年4月1日正式对外办公。1992年，市林业站增挂上海市野生动物保护管理站牌子，市野保站与国家濒管办上海办事处合署办公。1993年，崇明县建立全市第一个区县野生动物保护管理站，至2006年3月，郊区9个区县全部建立野保站，与区县林业站实行“一套班子、两块牌子”。1995年，建立上海市野生动植物保护管理专家组，确定上海动物园和上海野生动物园为濒危野生动物救护收容单位。1997年，市农林局内设野生动植物保护管理处，负责研究提出全市野生动植物资源管理、濒危物种进出口管理和野生动植物类型自然保护区建设管理的举措、要求；组织全市野生动植物资源调查、监测、管理工作，开展保护野生动植物资源的宣传教育；对野生动植物资源及其制品的保护、科研、开发和利用实施行政管理；会同有关部门查处乱捕滥猎和倒卖、走私、非法经营珍稀濒危野生动植物及其产品的违法案件。同年，市野保站为独立建制事业单位。上海初步形成市和郊区县两级野生动植物保护管理体系。

1998年，上海野生动植物鉴定中心建立，挂靠华东师范大学生命科学学院。1999年，市农林局委托上海野生动植物鉴定中心负责全市野生动植物保护管理的物种鉴定工作。崇明东滩保护区管理处、九段沙湿地保护区管理署和长江口中华鲟保护区管理处相继建立，人员编制近70名。

2002年，市农林局完成《上海市野生动物保护管理体系建设方案》编制，从管理机构设置、管理工作制度、基础设施和设备建设、人员素质建设和试点范围等5个方面进行全面规划。该方案被列入全国野生动植物保护管理体系建设试点省（直辖市、自治区）规划。

2003年7月，市政府办公厅发文成立上海市野生动物保护管理联席会议，由市政府分管副秘书长为召集人，市农林部门牵头，工商、公安、海关等部门参加；推进、协调和监督各部门执行有关野生动物保护的法律法规，研究提出供市政府决策的重要工作方案，协调各部门贯彻国家有关野生动物资源保护的执法行动，形成监管合力。同年起，为加强陆生野生动物疫源疫病应急防控，全市建立5个国家级疫源疫病监测站、20个市级监测站和30多个区县级监测站，初步形成覆盖全市的陆生野生动物疫源疫病监测体系。(www.daowen.com)

2008年，为加强中心城区野生动植物保护管理工作，市绿化局向市政府请示明确黄浦、卢湾、徐汇、静安、普陀、闸北、虹口、杨浦和长宁9个中心城区的陆生野生动物管理工作部门。根据市政府办公厅批转意见，市编办会同市政府法制办、市绿化局（市林业局）研究，明确9个中心城区的绿化管理部门为野生动物保护工作管理部门，各区绿化管理部门明确所属区绿化管理所（署）承担辖区内日常野生动植物保护管理工作。市绿化市容局举办区县野生动物管理专题培训班，9个中心城区的绿化管理部门相关负责人参加培训。全市野生动植物保护管理体系全面建立。

至2010年，上海的野生动植物保护管理体系，按照区域管理、分级负责原则，市、区县林业行政主管部门分别主管辖区内野生动植物保护管理工作，市、区县野生动物保护管理站负责日常管理工作。全市从事野生动植物保护的工作人员有400余人。