20世纪80年代中期，上海的自然植被由于受到人为活动的影响，分布在郊区佘山等10余座丘陵山地的自然植被几乎都成为次生林和人工林，佘山地区有种子植物535种，比50年代末减少120种。上海地处中亚热带北缘，地带性的自然植被为亚热带常绿阔叶林或常绿落叶阔叶混交林。最能反映上海地带性的植物主要分布在佘山和大金山岛。1984年，佘山和大金山岛有种子植物121科、397属、636种（包括变种），其中裸子植物5科、10属、15种；被子植物116科、387属、621种。1990年，上海地区的野生植物和常见或有推广价值的栽培植物有168科、981属、1 904种和392种下分类群。90年代末，佘山地区的种子植物只剩下254种。

1997—2000年，根据林业部统一部署，市农业局组织开展国家重点保护野生植物资源调查工作。调查显示：上海地区分布属于林业行政主管部门管理的国家重点保护野生植物有天竺桂、香樟、舟山新木姜子3种，存在于金山三岛保护区内和崇明县佘山岛上。大金山岛东北部和北坡自然分布有天竺桂5株、香樟6株、舟山新木姜子1株。大金山岛共有植物98科、224种，是上海地区野生植物资源最丰富的地方。佘山岛上海拔60米处的营房边生长有1株舟山新木姜子。

至2000年，上海地区有标本依据的种子植物1 900种，分属于168科、981属，乡土植物区系有500多种。上海乡土植物的主要常绿成分是由山毛榉科青冈属的青冈、锥栗属的苦槠，樟科的樟属、润南属，冬青科的冬青属植物组成，主要有苦槠、乌饭树、美丽胡枝子、算盘子、冬青等。落叶成分主要由山毛榉科的栎属，榆科的朴属、榉属、榆属，胡桃科的化香属，大戟科的野桐属所组成，主要有白栎、糙叶树、榉、紫檀树、黄连木、麻栎等；针叶林的组成以松属的马尾松、黑松，杉属的杉木，柳杉属的柳杉为主，反映出上海乡土植物的面貌和森林植被的特点。2005年，佘山地区有352种山地非栽培植物。至2010年，上海地区共有1 203种植物，其中乡土植物844种，占植物总种数70％。(www.daowen.com)

2010年起，中科院上海辰山植物科学研究中心、上海科技馆和华东师范大学开展上海植物物种科普调查工作。调查显示，由于发达的交通运输、频繁的人口流动及居住区的不断扩大，上海植物外来种类不断增多。外来植物呈现种类繁多、杂草丰富、单位面积多样性高、分布密度大、国产种类比例高的特点。上海的外来逸生及归化（包括入侵）植物359种，占上海全部植物的30％，其中原产国外的154种，占外来植物总数的43％，其中104种植物为美洲原产，比例较大；原产中国（上海以外省份）的203种，占外来植物总数的57％。上海外来植物中，菊科50种、豆科31种、禾本科27种，这三个科的外来植物约占上海外来植物的30％。上海其他外来植物大科还有十字花科19种、莎草科18种、藜科15种、唇形科14种、蓼科13种、苋科13种等。36种外来植物在各区县都有分布，约占各区外来植物种类的1／2～1／3。仅在一个区县发现有分布的物种有148种，多为偶见外来种，其中在闸北区发现有73种外来植物。其他仅在区县当地有发现的外来植物，徐汇区27种，宝山区11种，普陀区10种，杨浦区8种，崇明县和浦东新区各4种，嘉定区3种，奉贤区、金山区及松江区各2种，青浦区及虹口区各1种。闵行区、长宁区、黄浦区和静安区没有特有外来植物。上海外来植物以杂草为主，其主要生境为荒地、农田和人工绿地。在具有严重危害的15种外来植物中，菊科植物有6种，成为上海荒地及农田最常见的外来入侵植物，由于其种群数量庞大，已经入侵到上海几乎每一个角落，危害相对较大。加拿大一枝黄花，是上海6种菊科入侵植物中唯一的多年生植物，极其难以清除。