1978年后，上海利用动物园、植物园等，对珍稀濒危野生动植物实施迁地保护，逐步建立和扩大野生动植物种群（群落）。1981年，中国加入《濒危野生动植物种国际贸易公约》（以下简称“CITES公约”），上海广泛开展国际交流与合作，提升保护管理能力，扩大国际影响力。成立上海市野生动物保护协会。组织开展“上海东部沿海地区鸟类资源及生态环境调查”。国家濒危物种进出口管理办公室上海办事处改设市农业局。

1991—1995年，上海首个自然保护区——上海市金山三岛海洋生态自然保护区成立。上海市野生动物保护管理站、崇明县野生动物保护管理站先后成立。《上海市实施〈中华人民共和国野生动物保护法〉办法》《上海市重点保护野生动物名录》颁布实施。确定野生动物救护收容单位，开展野生动物收容救护工作。

1996—2000年，上海开展陆生野生动物资源和国家重点保护野生植物资源调查。开展穿山甲放归自然实验。《上海市金山三岛海洋生态自然保护区管理办法》发布实施。市农林局增设野生动植物保护管理处。上海野生动植物鉴定中心成立，承担行政执法中野生动植物种鉴定工作。上海市崇明东滩鸟类自然保护区、上海市九段沙湿地自然保护区相继建立，全市基础生态空间保持稳固发展，为迁徙于南北半球之间的候鸟停歇、觅食和越冬提供良好的栖息环境。

2001—2005年，上海野生动植物保护管理能级快速提升，国际影响力不断增强。上海市长江口中华鲟自然保护区成立。市政府相继发布崇明东滩保护区、九段沙湿地保护区、长江口中华鲟保护区管理办法和严禁非法猎捕和经营利用野生动物的意见，全市逐步建立健全野生动物驯养繁殖、经营利用等管理制度，野生动植物保护管理和自然保护区建设管理走上法治化、制度化轨道。组织开展野生动植物资源调查监测。崇明东滩保护区和九段沙湿地保护区建成国家级自然保护区。全市建成5个国家级陆生野生动物疫源疫病监测站、20个市级监测站和30多个区级监测站，建立一支专兼结合、兼职为主的近200人的监测队伍，监测防控工作进一步加强。(www.daowen.com)

2006年后，上海开展野生动物重要栖息地调查与评估。上海首个野生动物禁猎区——南汇东滩禁猎区成立。郊区9个区县全部建立野生动物保护管理站。崇明县被命名为“中国白头鹤之乡”。相继开展扬子鳄、獐、狗獾等物种重引入、培育繁殖和种群恢复工作。先后完成扬子鳄重引入、鸟类环志等多项研究课题。组织开展“崇明东滩鸟类国家级自然保护区互花米草生态控制与鸟类栖息地优化关键技术研究项目”研究和实验。明确9个中心城区的绿化管理部门为野生动物保护工作管理部门，各区所属绿化管理所（署）承担日常保护管理工作，全市野生动植物和湿地保护管理体系全面建立。

至2010年，全市受保护管理的自然保护区、重要湿地和野生动植物主要栖息地的保护规划面积达31.14万余公顷，使全市约22％的自然湿地生态系统、80％的野生动植物种群得到保护和管理。全市建有动物园、水族馆、昆虫馆、鸟类公园以及动物展区9个，有野生动物600余种、1.3万余头（只）。华南虎、赤斑羚、鹈鹕、金丝猴、猎豹、节尾狐猴等濒危珍稀野生动物种群成为国内动物园中最大的人工种群。全市野生动物驯养繁殖场106个，年经营产值6.17亿元；兰科植物培植场10个，年出口兰科植物达到2 845万株，贸易额6 230万元；野生动物经营利用管理专用标识企业32家，年标识产品经营利用金额3.1亿元；野生动植物进出口单位78家，年进出口贸易额2.74亿元。与高校合作共建全球碳通量崇明东滩野外观测站、野生动物疫源疫病监测实验室、野生动植物种鉴定中心等4个平台，建立崇明、奉贤、浦东和松江等4个濒危物种恢复和放归实验基地，野生动植物保护管理科研支撑取得新的突破。初步建成覆盖全市的陆生野生动物疫源疫病监测防控体系。上海与世界自然基金会（WWF）、美国大自然保护协会（TNC）、国际野生生物保护学会（WCS）等国际环保组织的合作交流不断深入，世界自然基金会开设上海办事处。全市野生动植物保护管理体系基本形成，执法力度不断加强，非法捕猎野生动物等现象得到遏制。公共财政对野生动植物保护的投入逐年增加，野生动植物资源保护管理工作初见成效，为上海经济社会可持续发展做出了贡献。