1978年后，全市林木种苗生产经营管理工作，随着市、县区、乡镇三级林木种苗技术推广体系的建设而不断加强。20世纪80—90年代，全市林木种苗管理工作主要集中在引种。从长江流域一些省市大量引进水杉、池杉和柳杉等耐湿树种；从北方省市引进白榆、白蜡等耐盐碱树种，以及欧美杨等速生性树种，在营造农田林网、沿海防护林中大力推广应用。全市逐步形成三级林木种苗技术推广体系，为加强林木种苗生产经营管理、林木种质资源收集保存和林木良种体系建设等工作提供组织保障。

2000年7月8日，第九届全国人大常委会通过《中华人民共和国种子法》（以下简称《种子法》），规定主要林木商品种子（含苗木）生产和经营实行许可制度。2001年3月16日，国家林业局下发《关于实行〈林木种子生产许可证〉和〈林木种子经营许可证〉制度的通知》，要求各级林业主管部门把核发“两证”工作作为加强林木种苗生产经营管理的一项极为重要的任务来抓。随着上海绿化林业跨越式建设发展，林木种苗需求量大幅增加，林木种苗产业呈现快速发展态势，亟须加强林木种苗生产经营监管，提高林木种苗质量。

2002年10月26—27日，上海举办首届苗木信息发布暨新品展示交易会，来自上海、江苏、浙江、江西、安徽、北京等地的122家苗木企业参展，展品为林木种苗、种子、名特优新林果新品种，造林绿化苗木，观叶植物等，展出新品种110种，参加交易、洽谈和观摩的逾2万人次，促进了苗木供需双方信息交流和林木种苗生产经营规范运行。

2003年2月28日，市农林局下发《上海市林木种子生产、经营许可证管理办法》（以下简称《管理办法》），规定申办“两证”的条件和程序，规范“两证”发放管理工作。3月27日，市农林局发布公告，要求上海市范围内从事林木种子、种苗生产经营的单位和个人必须在2003年6月30日前申请取得“两证”，逾期不办的，按照《种子法》有关规定进行处罚。市、区两级林业主管部门多次召开专题会议，研究解决“两证”发放工作中出现的具体问题，全市“两证”发放工作全面展开。同年4—6月，为顺利推进“两证”发放工作，市农林局组织市、区县林业站，对区县、农工商（集团）公司和上实公司的5亩以上面积的苗木基地开展调查，为顺利开展“两证”发放工作提供科学依据。此后，上海市每两年开展一次全市苗圃家底调查。6月16日，市财政局、市物价局印发《关于同意在发放林木种子许可证时收费的函》，同意设立林木种子许可证收费项目。8—12月，市农林局共举办12期“上海市林木种苗检验员培训班”，300名林木种苗检验人员参加培训。各区县充分运用广播、电视、报纸、印发宣传材料等形式，广泛开展《种子法》普法宣传，做好“两证”发放准备工作。松江区通过《松江报》、松江电视台、松江农业网等媒体进行社会宣传，嘉定区林业站发放6 000余份林业简报宣传《种子法》，浦东新区将实行“两证”管理的公告内容宣传到各个苗圃。通过深入宣传，广大林木种苗生产经营者增强了法律意识，提高了对办理“两证”重要性的认识，初步形成依法制种、用种的良好氛围。其间，市、区县林业主管部门按照《管理办法》开展“两证”申请主体资格审查，对符合条件的及时核发“两证”，对不符合条件的要求限期整改。至年底，全市共办理“两证”1 889份，其中《林木种子生产许可证》990份、《林木种子经营许可证》899份。

2004年，上海开展“林木种苗质量年”活动。市林业总站增加编制15名，增设林木种苗科，结合农业部（上海）花卉检验中心工作，增加林木种苗检验项目，全面开展林木种苗检验和监督工作；各区县林业站从农业技术推广部门抽调多名中、高级农业科技人员，通过转岗培训充实到林木种苗管理队伍；全年共举办30期林木种苗检验员培训班，775名林木种苗检验人员经培训考核持证上岗，全市林木种苗管理机构和队伍建设得到加强。市农林局开发推出网上申报系统软件，在上海农林网公开办证程序、办证条件、办理时限等内容，林木种苗生产经营者可以通过网络申办“两证”；统一印制林木种子标签1万张，下发到各区县；在重点苗木基地逐步推行重点林业工程所用种苗需经过检验的制度，从源头上把好造林绿化质量关。组织开展上海市自然植被现状及乡土树种种质资源调查，为建立优质种苗繁育基地提供理论依据和技术支撑；繁育推广具有自主知识产权的优良树种——东方杉，林木良种推广力度不断加大。市林业总站利用上海农林网、上海林业技术网和“农科热线”等多种渠道，实时发布苗木新品种、繁育栽培技术、林木种苗供需等实用信息，引导林木种苗市场健康发展；组织专家咨询队伍为林木种苗生产经营者提供咨询服务。全市林木种苗生产经营秩序渐趋规范，林木种苗质量逐步提升。至年底，全市共办理“两证”335份，其中《林木种子生产许可证》169份、《林木种子经营许可证》166份。(www.daowen.com)

2005年7月29日，市林业局下发《关于加强本市林木种苗市场监管工作的通知》，要求对全市重点绿化林业工程项目使用的种苗，各级建设单位和施工单位在订购苗木前应先查验出售林木种苗单位是否具有林木种子生产经营许可证，所购买的林木种苗是否具有质量检验合格证、植物检疫证和标签，并按国家林业局《林木种苗质量监督抽查暂行规定》进行质量监督抽查复检工作；监理单位加强工程苗木检查，对不符合质量要求的苗木，一律不准进入施工场地；工程验收部门将苗木“三证一签”纳入工程验收内容。全市继续加强行政审批后的监督管理，以及对林木种苗流通和使用环节质量的监督检查，定期组织市、区两级林政执法人员开展林木种苗专项执法检查，及时查处违法行为，规范林木种苗生产经营秩序。

2006—2009年，全市共办理“两证”464份，其中《林木种子生产许可证》231份、《林木种子经营许可证》233份。2009年，市林业局组织开展郊区苗圃调查，采集各类原始数据100多万个，全面掌握全市苗圃现状和“两证”办理情况，为加强林木种苗管理提供依据。同年，市林业局下发《上海市林木种苗统计管理办法》，对各区县种苗信息员进行统计方法和数据库软件专项培训，提高信息员业务素质，规范林木种苗信息统计工作。

2010年上海举办世博会期间，市林业局重点加强世博会储备苗木质量监管，要求中标企业严格按技术要求和标准储备苗木。同时开展行政审批后的监督检查，实施动态管理，发现问题，及时处理，确保林木种苗生产经营活动规范有序进行。市林业局通过全市苗圃家底调查，督促企业按照国家林业局发布的林木种苗质量管理办法和行业标准进行生产和经营，促进生产经营标准化规范化，为植树造林尤其是生态公益林建设提供质量保障。该年，市林业总站获“全国林木种苗先进单位”称号。全市共办理“两证”122份，其中《林木种子生产许可证》58份、《林木种子经营许可证》64份。至2010年年底，全市共培训林木种苗质量检验人员1 362人次，加强林木种子种苗质量检验队伍建设，提高苗木质量自查自检能力，促进林木种苗质量监管工作。