1978年后，上海的林种多为防护林和特种用途林，且绝大多数是中、幼龄林，没有林木采伐任务。1989年5月31日，林业部发出《关于加强林木采伐许可证管理的通知》。据此，市农业局统一印制林木采伐许可证，授权各县林业主管部门施行林木采伐许可证制度。至年底，全市共发放9张采伐证，采伐树木2 000余株。1990年，全市强化采伐许可证制度，坚持砍伐树木事先申报，凭证采伐，全年没有发生一起乱砍滥伐林木的案件。

20世纪90年代，依据《中华人民共和国森林法》和《上海市植树造林绿化管理条例》，加强林木管理，坚持林木采伐许可证制度和出省木材凭证运输制度，对乱砍滥伐林木案件进行查处。

2000年，上海市首次编制“十五”期间（2001—2005）年森林采伐限额，将林木采伐纳入全国森林采伐限额管理体制，实行限额指标控制，加强森林采伐监督管理。为严格控制森林资源采伐量，按照林木消耗量低于林木生长量原则，依据全市正常的抚育间伐及更新采伐量、历年建设项目占用林地砍伐量、商品林采伐量，全市“十五”期间合理年森林采伐限额为5 000立方米，其中商品林3 000立方米，生态公益林2 000立方米；按采伐类型分，主伐3 000立方米，抚育间伐2 000立方米。

2001年，为上海首次纳入全国森林采伐限额管理体制、执行全国“十五”期间年采伐限额管理第一年。市、区林业主管部门坚持凭证采伐、凭证运输制度，全市林木采伐1 126立方米，占年森林采伐限额22.52％。

2002年，在实施限额采伐基础上，对年度需要征占用的林木与林地同时实行限额指标控制，实施限制各县区大树搬迁出县区域行动计划。10月18日，市农林局下发《关于工业用材林建设和管理的若干规定》，明确凡企业、个人规划营造用材林的，须编制工业用材林实施规划和造林计划，经所在区县林业部门初审后，报市林业主管部门批准，并作为申请用材林采伐的依据；对工业用材林实行限额采伐管理制度，采伐工业用材林作为商品销售的，须纳入国家年度木材生产计划，加强工业用材林建设和管理，促进上海森林资源持续发展。全年林木采伐2 841.28立方米，占年森林采伐限额56.83％。(www.daowen.com)

2003年6月，市农林局下发《关于规范本市树木迁移管理工作的通知》，对规范树木迁移管理，制止乱采乱挖，促进上海森林资源持续增长做出9条具体规定。明确在自然保护区、名胜古迹、革命纪念地、国家规定的重点防护林和古树名木，以及生态地位极端重要、生态环境极端脆弱的特殊保护区和重点保护区的树木，严禁采挖迁移。根据2002年审批的林木采伐与迁移情况，组织开展还林情况和迁移成活率检查，检查显示基本达到标准要求。全年共采伐林木8 369.71立方米，其中因森林病虫害和人工林采伐需要，申请国家增加限额3 309.8立方米。

2005年后，市政府明确由市林业局统一管理、审批“十一五”期间森林年采伐限额，严格控制森林资源消耗。全市继续实施采伐限额管理、凭证采伐和出省木材凭证运输制度。

2009年9月，市政府颁布《上海市森林管理规定》。明确迁移、采伐林木应当办理许可证，对林木采伐实行限额管理，禁止在森林、林地内擅自迁移、采伐林木，以及违反规定的法律责任。全年共办理林木迁移行政许可事项3项，迁移林木2 175株；办理林木采伐行政许可事项68件，采伐林木7 553.44立方米，蓄积7 553.44立方米。

2010年，市林业局组织推进《上海市“十二五”森林采伐限额》规划编制工作。全年迁移林木9.68万株，采伐林木26.58万株，蓄积5 908.06立方米。