1978年，市农业局负责全市种植业、畜牧业和林业等行政管理工作，内设办公室、政治处、计划财务处、科技教育处、经营管理处、农业处、蔬菜处、畜牧处和林副处9个职能处室，林副处负责林业等日常管理工作。各县农业局负责辖区内的林业管理工作。1979年8月，市农业局撤销林副处，增设外事处、林业处、副业处。林业处负责林业和野生动物保护日常管理工作，主要职责任务为研究提出林业发展规划和实施计划；指导郊区平原绿化、经济林生产、花卉生产和国有林场、苗圃、森林公园、乡镇林业站的业务工作；负责林业资源调查管理，森林防火，林木、林地、林权管理，行政处罚和野生动物保护等工作。同时，为加强上海郊区林果业、平原绿化和防护林建设，建立上海市林业站。此后，郊区各县相继成立林业站。1980年7月，经营管理处划归市农委。1982年，市农业局撤销政治处，增设组织处、土地管理处。1985年2月，市林业站增挂市林木病虫防治检疫站牌子，加强林业病虫测报防治和植物检疫工作。同年9月，土地管理处划归市土地管理局。1988年12月，经市政府批准，由市农业局与市公安局联合组成市护林防火办，隶属上海市防火安全委员会领导，接受国家森林防火总指挥部办公室业务指导，市农业局负责日常具体工作。1990年8月，市林业站增挂上海市林业科技推广站牌子，承担上海林业的科技推广，并指导县站开展工作。10月，林业部决定国家濒危物种进出口管理办公室上海办事处（以下简称国家濒管办上海办事处）从上海市第二轻工业局改设市农业局，负责受理、审核和核发上海、江苏、浙江、江西和安徽4省1市（最初包括山东省）的野生动植物及其产品进出口的“公约证明书”和“非公约证明书”两项行政许可。1991年，畜牧处划归市畜牧局。1992年10月，市林业站增挂上海市野生动物保护管理站牌子。市野保站与国家濒管办上海办事处合署办公，负责全市野生动物保护管理和华东地区濒危野生动植物种进出口管理。1993年，崇明县率先建立县野生动物保护管理站。1994年4月，蔬菜处划归市农委。至此，市农业局的主要职责任务调整为负责全市种植业（除计划菜地）、林业的行政管理工作。20世纪90年代，市郊各县区相继建立农业委员会，负责辖区内林业行政管理工作。

1997年2月18日，根据市政府批准的《上海市农林局职能配置、内设机构和人员编制方案》，市农业局更名上海市农林局。市农林局是市政府主管全市种植业、林业工作的职能部门，主要任务是：负责全市种植业（除计划菜地），林业的行政管理、法规建设、生产指导、科技推广、教育培训和国际国内的交流与合作，促进农林发展与现代化建设。林业方面的主要职责是：贯彻有关林业的方针、政策，执行和研究起草有关政策法规并组织宣传实施和执法监督，对区县林业工作进行监督检查和业务指导，提出行业发展规划，制订年度计划并组织实施。对全市经济果林、花卉、苗木等生产实行行业管理，依法保护和管理全市野生动植物资源，负责全市野生动植物和濒危物种的驯养繁（培）殖、经营利用、进出口管理，协同查处破坏野生动植物资源及其栖息环境的案件。承担行业技术攻关和技术推广以及农林业中等专业教育以及有关的成人职业教育与岗位培训。主管有关森林植物检疫及相关的质量检测、鉴定和监督，规划、指导、检查、监督林业产加销基地建设。负责有关林业涉外事务和国际国内经贸、科技的交流与合作，调查、保护和管理林业资源，组织全市森林资源清查、监测、分析和评估，以及负责野生动植物类型自然保护区的规划、建设、管理和监督。市农林局设办公室（党委办公室）、政策法规处、农业处、林业处、野生动植物保护管理处（中华人民共和国濒危物种进出口管理办公室上海办事处）、计划财务处（审计室）、科教处、外经外事处（援外办公室）、组织处（人事处、宣传处）9个职能处（室）。2月，市野保站隶属市农林局。7月，市野保站为独立建制事业单位。

2000年8月7日，市委、市政府根据中编委〔2000〕64号文件的规定设置上海市农林局。市农林局负责全市种植业、林业工作，原承担的农林业环境保护管理职能交给市环境保护局。林业方面主要职责增加了研究拟定林业现代化建设的发展规划；协调林业生产资料市场体系建设；负责陆生野生动植物和濒危物种的驯养繁（培）殖、经营利用和进出口的审批。强化了依法保护和管理陆生野生动植物资源；负责陆生野生动植物类型自然保护区的规划、建设、管理和监督以及湿地保护；监督林木的凭证采伐与运输，承办林地征占用的初审；指导林业职业技能开发、职业教育和实用技术培训等。市农林局设办公室（党委办公室、外事处）、政策法规处、农业处、林业处、野生动植物保护管理处、计划财务处、科技信息处、组织处（人事处、宣传处）8个职能处（室）。

2003年7月，上海成立市野生动物保护管理联席会议，由市政府分管副秘书长为召集人，市农林部门牵头，工商、公安、海关、建设、商业、交通、外贸、旅游、卫生、环保、教育和宣传等部门参加。同时建立联席会议联络员工作制度，协调各部门贯彻国家有关野生动物资源保护的执法行动，形成监管合力。11月，市林业站更名上海市林业总站。

2004年7月22日，市委、市政府同意撤销市绿化局、市农林局建制，组建新的上海市绿化管理局，并挂上海市林业局牌子，实行“两块牌子、一套班子”，统一承担全市绿化和林业行政管理工作。市绿化局（市林业局）内设办公室（党委办公室、外事办）、政策法规处（研究室）、计划建设处、财务管理处、公共绿地管理处、森林资源管理处、野生动植物保护管理处、群众绿化处、科技教育处、组织人事处、行政许可受理处11个机构。原市农林局的种植业管理职能划归市农委。2004年9月，上海建立市湿地保护与合理利用联席工作会议制度。联席会议办公室设在市林业局，负责全市湿地保护和合理利用日常工作。至2006年，郊区9个区县全部建立野生动物保护管理站，分别挂靠区县林业站。(www.daowen.com)

2008年10月18日，市政府决定，设立上海市绿化和市容管理局，并挂上海市林业局、上海市城市管理行政执法局牌子。原上海市绿化管理局（上海市林业局）、原上海市市容环境卫生管理局（上海市城市管理行政执法局）职责同时划入市绿化市容局（市林业局、市城管执法局）。林业方面的主要职责为贯彻执行有关林业的法律、法规、规章；研究起草行业有关的地方性法规、规章草案和政策，并组织实施；编制林业专业规划，编制行业中长期发展规划和年度计划，以及重大建设项目建议书和可行性研究报告；负责实施行业标准、规范，组织制定相关的地方性标准、规范、规程。对全市实行行业管理，指导区县林业方面的工作；组织协调重要节日、重大活动期间林业的保障工作；包括应急预案的制订，并组织实施。负责审查林地内建设项目的方案；负责组织、协调全市林业重大建设项目的实施，协调城乡重大建设项目中涉及林业设施配套建设工作；指导国有林场、森林公园的建设和管理。负责组织、指导全市陆生野生动植物资源的保护和合理开发利用；组织全市陆生野生动植物资源调查、监测和管理工作；依法拟订全市重点保护的陆生野生动植物名录，报市政府批准后公布、实施；会同市有关部门，组织开展自然生态修复和生物多样性保护工作；组织、协调全市湿地的保护；指导全市野生动植物、湿地类型自然保护区的建设和管理。负责全市林业资源管理工作；负责林业资源的调查评估、动态监测、统计分析工作；会同市有关部门，研究提出全市林业产业发展的有关政策，制订发展规划；负责林业苗木种子等行业管理；负责林木林地有害生物的预测预报、防治和检疫工作；会同市有关部门，组织、协调全市护林防火工作。负责制订行业科技发展规划、年度计划；负责行业重点科研项目管理，协调开展重大科研项目创新和攻关；组织实施行业信息化重大项目建设，以及对外合作交流工作。负责全市林业普法教育和社会宣传工作，承担有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。市绿化市容局（市林业局、市城管执法局）设办公室（信访办公室）、政策法规处（研究室）、规划发展处、组织人事处、财务管理处、公共绿地处、林业处（市护林防火办公室）、野生动植物保护处、市容管理处、环卫管理处、景观管理处、执法协调处、执法监督处、行政许可处、科技信息处、社会宣传处等16个内设机构。2008年，9个中心城区的绿化管理部门兼管野生动物保护管理工作，各区所属绿化管理所（署）承担日常野生动植物保护管理工作。

2009年5月，市政府办公厅下发《关于进一步加强本市森林防火工作的通知》，全市森林防火组织体系和工作网络实行地方各级政府行政首长负责制。7月，市政府办公厅转发市林业局制订的《上海市处置森林火灾应急预案》，将森林防火工作纳入政府应急管理体系。7月，市林业总站（市林业病虫防治检疫站、市林业科技推广站）更名上海市林业总站（上海市林业病虫防治检疫站、上海市林木花卉育种中心）。同时，市野保站更名上海市野生动植物保护管理站。9月，市政府令第17号发布《上海市森林管理规定》，明确市林业主管部门负责全市森林、林木、林地的建设、保护及监督管理工作；区县林业主管部门负责辖区内森林、林木、林地的建设、保护及监督管理工作，业务上受市林业主管部门的指导。

2010年，国家濒管办上海办事处与市林业局脱钩，原委托市林业局的行政职能划归国家林业局驻上海市森林资源监督办事处。郊区各区县政府实施大部制改革后，其林业主管部门，浦东新区为环境保护和市容卫生管理局，闵行、嘉定分别为区绿化和市容管理局，宝山、南汇、奉贤、金山、青浦、松江分别为区农业委员会，崇明为县农业委员会。