中国各部委依照其职能定位、权限范畴，与联合国从事发展方面业务的各专门机构或实体开展的磋商、谈判，以及签署的协议等，构成了中国与联合国全球发展治理合作的第二层次。从既往合作情况来看，中国对该层次合作基本采取的是窗口管理方式，即根据议题、事务属性，主要由相关部委负责与联合国机构的对口协商及互动合作。具体而言，商务部通常负责与开发署等机构相关的事宜，教育部负责与教科文组织相关的事宜，农业部负责与粮农组织、粮食署相关的事宜，卫生部负责世卫组织相关事宜，环保部负责环境署相关事宜，等等。与领导人层次的合作相似，部委层次的发展治理合作也在理念、实践以及重点方面呈现出某些不同于以往的重要特征。

第一，在与联合国相关机构展开合作时，中国各部委均表现出将“一带一路”倡议与2030年议程相衔接的明确意识，并且通过谅解备忘录、联合声明等方式，使双方发展理念的融合正式化、机制化。经过领导人层次的充分沟通，形成共识之后，^[28]部委层次的落实跟进是自然而然的后续进程。2016年6月，中国—联合国粮农三机构南南合作圆桌会议发表了关于加强和拓展南南合作伙伴关系的联合声明。联合国粮农三机构对“一带一路”倡议表示欢迎，并指出其与粮农三机构的使命及战略相契合，为相关合作提供了机遇。^[29]2016年9月，中国国家发改委与联合国开发署签署了共同推进“一带一路”建设的谅解备忘录。该文件将作为合作框架，加强中国与开发署的合作，共同落实“一带一路”倡议和2030年议程。^[30]2016年12月，中国国家发改委根据早先与联合国欧洲经济委员会签署的合作谅解备忘录，共同召开“一带一路”政府和社会资本合作（PPP）工作机制洽谈会，为业务培训、实际操作等方面的全方位合作奠定基础。^[31]

第二，中国各部委与联合国相关机构合作的深度、广度以及支持力度均有明显提升。这主要表现在机构高层任职状况、机构合作的制度化程度、对机构运作的财政贡献等三个方面。从任职状况来看，中国籍公民出任联合国专门机构最高职位的情况经历了从无到有的实质性改观。有学者统计后指出：2005年之前，中国籍公民虽然就任过非竞选的联合国副秘书长等职位，但未曾参加过联合国及其专门机构的高层职位竞选。2005年之后，每年都有中国籍公民出任联合国专门机构最高决策职位：如2005年时任中国教育部副部长章新胜就任联合国教科文组织执行局主席；2006年中国香港地区的陈冯富珍女士出任世界卫生组织总干事；^[32]2013年，中国籍候选人李勇以明显优势在总共七名候选人之中脱颖而出，当选联合国工业发展组织新任总干事，在他之前，已有两位中国籍公民获任副秘书长级的联合国实体首脑。^[33]

从机制化水平来看，中国与联合国机构合作的制度化程度迅速提升。一方面，原本就设有驻华代表处的组织，其代表处经历了升级。如工发组织的驻华代表处于2006年升级为驻中国、蒙古、朝鲜、韩国的区域代表处；^[34]教科文组织北京办事处于2002年升级为东亚地区5国办事处，覆盖区域包括中国、朝鲜、日本、蒙古和韩国。^[35]原本未设驻华办事机构的组织，则多在近年间增设了相应机构，如联合国环境署于2013 年在北京设立驻华代表处；^[36]农发基金于2005年在华设立联络办公室；^[37]等等。另一方面，中国相关部委与联合国机构之间的伙伴关系出现显著进展。例如，2016年中国农业部与联合国粮农组织共同签署关于建立全面战略合作伙伴关系的谅解备忘录，中国农业部、财政部则与国际农业发展基金共同签署关于建立合作伙伴关系的谅解备忘录。^[38](www.daowen.com)

从资源提供来看，中国对联合国发展机构的财政贡献迅速增长。其中既包括通过相关部委对联合国机构缴纳会费，也包括用于国际发展合作的各种捐赠和捐款。以工发组织为例，2004—2005年中国会费分摊比例为2.17788%，到2006—2007年即上升至2.987%，在171个成员国中位居第7，每年缴纳会费超过300万美元。^[39]再以开发署为例，2011 年中国向该机构捐款460万美元和260万元人民币，^[40]2013年中国对开发署贡献创下新高，达600万美元。^[41]在财政贡献持续增长的同时，中国从“受助者”向“施助者”转变的趋势愈发明显。2006年起，粮食署结束其在华常规援助项目，中国从该署的受援国转为捐赠国。^[42]在停止接受粮食援助的当年，中国一举成为世界上仅次于美国、欧盟的第三大粮食捐助方。^[43]粮食署驻华代表指出：在粮食署历史上，像中国这样从受援国变为捐助国的例子实不多见。^[44]2013年，中国还向该署紧急食物援助计划捐赠200万美元，为叙利亚境内受冲突影响的400万人提供援助。^[45]

第三，中国越来越多地以联合国专门机构为平台或渠道，通过共同设立合作中心、信托基金、培训项目等多种方式，重点推进南南合作。以合作中心为例，2005年，中国国务院扶贫办、商务部与联合国开发计划署正式签署“建立中国国际扶贫中心项目议定书”；^[46]该中心随即成为中国开展南南合作的重要渠道。2008年，根据商务部与工发组织的协议，中国南南工业合作中心正式启动，成为推动中国与其他发展中国家在工业化等领域合作的重要平台。^[47]以信托基金为例，2006年中国与粮农组织签署合作意向书，结成南南合作战略伙伴，^[48]随后分别在2009年和2015年提供了3000万美元和5000万美元的两笔信托基金，支持农业领域的南南合作项目。作为最早参与粮农组织框架下南南合作的国家之一，中国迄今已经实施20个南南合作项目，共向24个发展中国家派送1000多名农业专家和技术人员，约占粮农组织“南南合作”项目派出总人数的60%。^[49]2012 年，中国—联合国教科文组织教育信托基金项目在首届全球全民教育会议上启动。中国政府向该基金提供800万美元资助，用于对坦桑尼亚等八个非洲国家的教育援助，加强对非洲教师的培训。^[50]再以合作培训为例，商务部自2006年就开始与贸发会议合作，启动面向发展中国家的国际人力资源合作培训项目，具体方式是由中国政府出资、贸发会议派出专家，共同为发展中国家培训经济领域的官员和专门人才。仅数年间，该项目已向77个发展中国家的400多名官员提供了培训。^[51]