主要制度因素是户籍制度和土地制度。（1）户籍制度：1958年中国城乡区别的户籍制度首次实施，将中国的城乡居民分为农业户口和非农业户口，1975年《宪法》正式将与人口自由迁移相关的规定废除，农村与城市之间分割的二元户籍制度延续至今。这样的户籍制度阻碍了城乡居民间的自由迁徙与流动，阻碍了流动人口与社会的融合，还导致流动人口在享受社会福利与公共服务时受到不公平待遇，进一步稳定了二元结构，使大量的农村剩余劳动力难以流向城市，造成城乡劳动力市场的分离，大量农村劳动力剩余，部分城市劳动力出现缺口。不仅导致劳动力资源利用效率低，而且抑制农民增收，也抑制了其他资源的流通。（2）土地制度：由于农村的土地所有权归集体所有，现行的土地制度中的土地流转和土地征用存在着诸多的矛盾与困难，土地流转在农民中流转不顺利，而且征地用地以及土地流转中农民都处于弱势，尤其是在城市快速发展、城市土地快速扩张的阶段，国家征用土地数量大，对农民的补偿标准以及补偿措施不能够完全透明和规范，农民的参与权长期不能得到保障。国家以较低价格向农民征收土地，然后以相对较高的价格卖给企业，使得土地归于城市建设使用，农民集体所有的土地数量不断被削减，耕地数量也大量减少，土地是农民赖以生存的资源，农民所拥有土地的减少必然导致农民收益的减少，使得城乡差距不断扩大。

政策偏向也是影响因素之一。国家连续多年来出台的“一号文件”都将“三农”问题作为重要内容，近几年国家对“三农”问题的关注使得城乡发展的差距有所缩小，但是城乡发展的不协调状况仍然值得重视。虽然国家对农村、农民以及农业的发展在政策上已经有很多的支持，不过对城市发展的政策倾向更加鲜明。首先，中国长期以来将重工业发展作为经济发展的重中之重，在产业政策支持上的偏向使得农村长期被忽略，资源大量流向城市也限制了农村地区的发展，近年来国家的新农村建设目标以及新型城镇化建设开始将政策偏向农村，但是中华人民共和国成立以来形成的农村支持城市的观念与传统仍存在一定的偏向影响。其次，市场导向为主的经济发展模式使得资源都集中流向利用率高、发展优势明显的城市地区，农村地区以农业发展为主，投入大、产出小，发展处于劣势。而且工农业产品价格剪刀差也使得农民的收益小、开支大，拉大城乡差距，造成城乡发展不协调。最后，在财政支农方面，近年来，农林水事务方面的财政支出幅度不断提高，为农业发展提供了直接动力，对促进农村经济的发展与农民生活水平的提高有很大的驱动力，但是财政支农的政策并没有形成完整的管理机制与合理的支出结构，可能出现“所用非所需”的现象；另一方面，在支持农村乡镇企业与农业规模化生产方面，农村资金投入不足也是阻碍其发展的重要因素。(www.daowen.com)