估计联立方程组模型的方法可以分为两类：一是单一方程估计方法，二是系统估计方法。首先我们对联立方程组中的每一个方程分别进行估计，考虑到内生性的问题，OLS存在不一致的问题，在进行单一方程估计时选择二阶段最小二乘法（2SLS），具体结果如表所示：

表1　联立方程组模型的估计结果

附注：括号内是估计系数t值。*，**，***分别代表在10%，5%，1%的水平下显著。

另外在使用单一方程估计时，由于会忽略各方程之间的联系，特别是各方程扰动项之间的联系，故将所有方程作为一个系统进行估计更有效，在此选择最常用的三阶段最小二乘法（3SLS）。具体思路是前两步对每个方程进行2SLS估计，第三步根据前两步的估计，对整个系统的扰动项的协方差矩阵进行估计，然后据此对整个系统进行GLS估计。

为了考虑研究结果的稳健性，我们在此用创新效率（IE）来反映创新的产出，具体方法则采用DEA方法测算的Malmquist生产率指数作为创新效率的衡量。其中以新产品销售收入作为产出指标。以R&D经费支出和R&D人员折合全时当量作为投入指标，其中R&D人员折合全时当量可以衡量创新人力资源保有程度和投入程度。R&D经费支出反映的是创新活动的财力支持，但是R&D经费支出存量估算较为复杂，主要借鉴吴延兵（2006）对工业行业R&D存量估计的方法。R&D存量估算也是依据永续盘存法，即R&D存量为：(www.daowen.com)

首先确定R&D的支出数额，其中第二产业选择的“分行业大中型企业科技活动内部经费支出”，但是由于本文涉及国民经济所有行业，考虑数据的可得性，第一产业和第三产业的R&D投入在1993—2001年采用“分行业自然科学领域研究与开发科技活动内部经费支出”，而在2002—2010年选择的是“分行业研究与开发机构科技活动经费内部支出”，主要是关于第一、三产业R&D的支出并无统一的口径，另外，R&D活动主要是自然科学领域，且2002年统计并无明显的突变，所以采用这样的方法来衡量第一、三产业分部门R&D投入。其次，对于R&D价格指数则采取原材料购进价格指数和固定资产价格指数的加权平均值来构建R&D支出价格指数，其中权重选择0.5。再次，R&D存量的折旧率根据已有的文献直接设为15%；最后确定基年的R&D存量，在此以1993年为基年，采用的方法来计算基年的R&D存量，其中g为R&D实际支出的算术平均增长率。

具体结果如下表所示：

表2　联立方程组模型的估计结果

续表