在产业政策诞生以来，就一直被视为一种异端思想，而受到主流的古典经济理论的批评。即使到了二战后，日本与东亚各国通过广泛运用产业政策理论实现了经济的腾飞之后，产业政策理论也没有能够在理论界赢得更多的支持。只是上世90年代初，世界银行在日本政府的支持下，对日本与东亚的成功经验进行深入的研究，才使得产业政策理论得到更多的关注。然而，此后发生的拉美债务危机与东南亚金融危机，又将产业政策理论重新推向审判台，一时之间，以克鲁格曼为代表的西方学者对于产业政策理论的批评不绝于耳。产业政策理论之所以会在西方经济理论学界长期受到批评，自然是有其内在的原因的。

自从斯密最早在《国富论》中提出分工理论与绝对成本理论之后，他所倡导的自由贸易思想就成为西方政府政策选择的主导思想。而李嘉图的比较优势理论，则更为深入地阐明了在世界经济中各国应该采取什么样的分工策略，选择哪些本国具有优势的产业，从而通过科学、有效的国际分工，优化本国的资源配置，提升本国的生产效率。而赫克歇尔、俄林的生产要素禀赋理论，克鲁格曼的新贸易理论，则从不同角度阐明了各国在世界贸易格局中的贸易优势的由来。

与古典经济理论所倡导的自由贸易理论相反，现代产业政策则强调对一些本国不具有贸易优势的部门进行保护，通过提高关税，或者设置贸易配额等非关税壁垒，限制外国进口产品的价格与数量，从而削弱国际市场对于本国相关的幼稚产业的竞争压力。对于一些经济发展水平较为低下的国家来说，这样的保护的确是必要的，而且美国、德国、日本等发达国家的历史也告诉我们，当前的发达国家在经济发展的早期，基本上都选择过类似的保护性措施。

然而，产业政策所倡导的贸易保护却是与自由贸易思想所格格不入的，如果其保护力度达到一个较高的水平，当一个国家把其关税水平制定到高于禁止性关税的水平之后，就等同于这个国家自行选择脱离世界市场，脱离全球分工价值链而独立存在。这样排除了自由贸易的政策选择，就完全背离了现代国际贸易理论，使得这些国家无法利用国际资源，也无法开发国际市场，而只能针对有限的国内资源与国内市场进行发展，这势必大大限制其发展水平的提升。(www.daowen.com)

即使产业政策的保护力度没有达到隔绝贸易的程度，其政策选择也必然会带有一定的选择性，从而形成不公平的市场竞争，诱发国内不同经济群体为追求保护性政策所带来的超额利益，而选择向政府进行寻租，进而影响资源配置的效率。从早期的产业政策实践可以看出，每一个国家在采取贸易保护性的产业政策时，往往都会选择特定的产业，特别是对于国民经济影响力较强的重化工业；或者面向特定的企业，主要是占据相应市场的国内领导地位的大型企业与企业集团，特别是大型的国有企业。在这些贸易保护政策的推行之时，对于不同的产业甚至企业而言，能否得到政府的保护，保护力度有多大，将极大地影响其利润水平。尤其一些国家还会选择在不同的企业之中进行贸易收益的再分配，这就更容易引起利益的差异，从而必然会诱导代表不同的产业与企业利益的利益集团出于维持本集团的利益，而向政府进行各种游说甚至行贿活动，以谋取更高的保护力度，以及更优厚的产业政策。这些受不同利益集团的影响而制定的产业政策，必然会扭曲社会资源的配置，从而影响整个经济的运行效率。

值得注意的是，尽管从汉密尔顿到李斯特都强调了这些保护性的产业政策的期限性，然而在很多运用产业政策的国家，产业政策被视为一种永久性的对于本国市场的保护。众多受到产业政策保护的产业，不但没有因为产业政策排除了国外进口产品的竞争压力而获得更大的发展空间，却由于保护性的产业政策帮助它们获得了更大的利润空间，而在市场竞争不足的条件下，表现出缺乏活力、缺乏动力的发展状态，它们更多的把获得发展的希望寄托于政府更为长久的保护、更大力度的支持上，却难以形成通过持续创新而实现自身的竞争能力的稳定提升。这就与保护性的产业政策所提出的初衷截然相悖，从而成为产业政策饱受西方学者所攻击的原因之所在了。