2000年以后，宁夏农垦系统进一步加大改革力度，持续推进了国有企业战略性改组和经济布局的调整。

一是对产品无市场且扭亏无望的企业坚决实施了破产。在暖泉蘑菇厂、平罗糖厂、农垦磷肥厂破产结案后，所属的国家大型二档企业银川糖厂、青铜峡糖厂、巴浪湖皮毛厂由自治区高级人民法院宣告破产。对垦区亏损大户实施破产，有效遏制了垦区工业经济的下滑。二是对产品有一定市场但负债重、困难大的企业实施内部兼并。继垦原科技开发中心兼并农垦橡胶厂后，沙湖实业有限责任公司又对隆建冶炼公司（农垦建材厂）实施了兼并。三是对整体难起死回生但部分产品还有市场的企业采取了小股突围办法部分救活。如对农垦建设实业总公司进行了剥离重组，采取大船背债搁浅、小船放生的办法，将其所属效益较好的铁合金厂、建安公司和建材公司等企业，从总公司分离出来，进行股份制改造，自主经营，单独核算。四是对有发展前途的企业，如科技开发中心、玉泉葡萄酒厂、西夏酿酒厂、银川硫酸铝厂等，采取多元投资，实施股份合作制改造。五是结合垦区业的发展，对龙头企业实施规模经营，组建专业集团。组建西夏酒业集团公司、宁夏枸杞集团公司和旅游集团公司等。六是国有农场在进一步完善以家庭承包经营为主的农业双层经营机制的基础上，坚持30年长期承包。已全面完成新一轮土地长期承包，并采取以土地置换各种费用的办法盘活土地资源，以实现减负增效。

2009年，宁夏农垦集团拉开了深化改革的大幕。2009年3月，组建国有独资公司——宁夏农垦集团公司。公司主要按照公共管理职能与生产经营职能分开、国有资产所有权与经营权分离的原则，对农垦事业管理局和农垦集团公司实行内部政企分开、政事脱钩，实行过渡期3年的“两块牌子、一套班子、交叉任职”管理体制。农垦事业管理局代表政府履行出资人职责，享有国有资产所有权；农垦集团行使国有资产经营权，享有国有资产收益权。同时，自治区授予农垦事业管理局相当于地级市政府的部分管理权限，并对农垦经济社会实行统一计划管理，在安排年度计划和建设项目时对农垦实行计划单列，将符合条件的农垦项目纳入专项规划和自治区本级计划，重点解决农垦政策边缘化的问题；对农垦集团实施战略性改制重组，组建西夏王、沙湖、贺兰山三大实业公司及其36个子分公司，形成了生产导向型经营机制和以资产为纽带的母子公司管理体制。自治区还加大了对农垦的综合支持力度，授予了更加优惠的土地政策，剥离了学校、医院等办社会职能，核销了历史遗留的各种政策性债务和不良资产，为农垦集团化、产业化、市场化发展创造条件。

2014年，自治区党委、政府出台《关于进一步深化农垦改革发展的实施意见》（宁党发〔2014〕23号），提出以建立现代企业制度为核心的4项改革任务，赋予7条支持政策，确立打造一流大型国有现代农业集团的目标，农垦集团迈入了市场化、企业化改革发展的新征程。农垦集团立足新时期“做示范、保供给”使命，坚定不移推进农垦改革，努力打造一流大型国有现代农业集团，力争到2018年，实现“两个率先、两个翻番”：率先实现农业现代化、率先全面建成小康社会，农垦集团营业收入和利润总额分别达到70亿元、5亿元。(www.daowen.com)

2014年6月，农垦事业管理局整体改制转企，注册资本51.56亿元。自治区党委、政府推出并实施的深化农垦改革的一系列举措，主要包括：一是深化管理体制改革。实行集团化管理，农垦事业管理局不再作为实体机构存在，取消编制，不设领导职位，只保留牌子；参公管理的在编人员不保留行政级别，按照“老人老办法”全部过渡为农垦集团公司人员，实行企业化管理；自治区党委、政府重新任命了农垦集团公司领导班子；自治区编委会核销了农垦事业管理局52名全额预算事业编制、7名厅级领导职数和24名处级领导职数，注销了事业单位法人。完成了集团中层管理人员竞聘上岗和工作人员的双向选择。自治区国资委代表政府对农垦集团履行出资人职责，农垦集团公司依法行使国有资产经营权。二是深化农垦事业改革。将农垦国土资源局、农垦沙湖自然保护区管理处、农垦农业综合开发办公室、农垦中专学校等4个事业单位的84个编制和人员移交自治区对口部门管理，农垦国土资源局、农垦沙湖自然保护区管理处、农垦农业综合开发办公室分别移交自治区国土资源厅、林业厅、农业综合开发办公室管理，继续为农垦集团公司提供相关服务。农垦农林牧技术推广服务中心作为事业单位由农垦集团公司管理。农垦职工中等专业学校（农垦干部学校）事业编制和人员移交宁夏职业技术学院，与宁夏农校合并办学。在移交过程中，只是人员、编制移交，房屋校舍等资产全部留给农垦，农垦集团把学校改为农垦集团培训中心，主要承担垦区干部、职工和专业人员的继续教育、职业教育培训等工作。三是推进农垦集团内部改革。按照现代企业制度规范建立董事会、监事会、经理层和职代会等法人治理结构，“三会一层”等各司其职、各负其责、协调运行。按照“精简、效能”原则，推行扁平化管理，以资产为纽带，整合资源资产，将农垦集团原有的50个单位，整合重组为25个子公司，变三、四级管理为二级管理，构建了新型母子公司运行机制。着力推进企业干部人事制度改革，公开竞聘子公司经营团队，子公司正副职职数从181个减少到135个；全面实行经营者收入与经营业绩挂钩的薪酬和业绩考核办法，实现自主经营、自负盈亏、自我发展。四是推进农垦职工房屋产权制度改革。减免和优惠相关税费，简化房产办证手续，增加农垦职工财产性收入。同时，继续给予农垦享有国家和自治区各类普惠性政策、继续给予财政支持和税收优惠、支持农垦建设产业园区、支持农垦城镇化建设、支持开展资本运作、建立垦地合作发展长效机制及加强农垦集团队伍建设等7条强有力的政策支持。

从2009年深化改革到2015年年底，宁夏农垦集团营业收入从20.9亿元增加到31亿元，增加48.3%；利润总额从0.35亿元增加到1.21亿元，增长了3.46倍；资产总额从38.6亿元增加到140亿元，增长3.63倍。

截至2016年年末，资产总额达145.22亿元，净资产78.61亿元；全年实现营业收入31.5亿元，利润总额1.04亿元，上缴税费0.81亿元；在岗职工11174人。公司拥有土地238.4万亩，14个国有农场、30个全资（控股）子公司、1个国家5A级沙湖旅游景区、3个国家湿地公园和2个国家级、9个自治区级农业产业化龙头企业，形成了酿造、畜牧水产、果蔬三大农产品加工产业集群，拥有“沙湖”“西夏王”“贺兰山”等10多个知名品牌。其中，西夏王品牌入围“亚洲品牌500强”“中国品牌100强”。西夏王葡萄酒业公司被认定为“外交使节酒生产基地”，是我国外事机构专用唯一葡萄酒品牌。沙湖大米、南梁富硒枸杞、双丰供港蔬菜等一批名优产品走出宁夏，多次获得国际国内大奖。沙湖景区是“中国十大魅力湿地”之一，年接待游客120万人次。