1860年4月12日，就在《莫里尔关税法案》生效11天后，邦联军队炮击了联邦在南卡罗来纳州查尔斯顿的基地——萨姆特要塞（Fort Sumter）。这标志着美国内战的爆发。尽管历史学家依旧在争论促使南方脱离联邦的诸多原因，但如前文所述，关税政策引发的地区间冲突在1860年之前的约25年里已在很大程度上平息。随着1833年妥协方案达成，南方事实上已赢得了南北战争前的关税较量。1860年，应税进口产品的平均关税率不到20％，北方制造商基本上已放弃了设置更高关税的奢望。1861年的《莫里尔关税法案》在某些方面不过是对1857年恐慌的财政调整措施，它之所以能获得通过，完全是因为南方已经脱离了国会。由于上述原因，我们不能认为南方脱离联邦是因为关税政策的争执。

相反，正如众多历史学家已经明确阐述的那样，内战是因奴隶制而爆发。共和党的胜选给奴隶制的存续带来了紧迫的威胁，或者说至少有此感受。对南方来说，奴隶制关系到巨大的经济利益，远远超出进口关税的影响。截至1860年，奴隶资产的经济价值约为27亿美元，比铁路和制造业投入的资本价值之和还高出很多。在七个主要产棉州，约有1/3的白人收入来自奴隶劳动。对这一体制的唯一现实威胁来自北方与政治实力日渐增长的废奴主义运动，该运动的参与者试图把奴隶定义为自由人，而非财产，从而会彻底改变现有的产权关系。64

南北战争是美国最血腥和最具破坏性的冲突。战争的经济损失达66亿美元（以1860年美元价值计算），或者说相当于1860年GDP的150％。65伤亡数字非常惊人：约62.5万人死亡，40万人受伤。这场战争自然严重冲击了对外贸易，主要出自南方的全国出口量从1860年的约占全国GDP的7％下降至1865年的不足2％。进口同样在战争时期大幅下跌。

战争的资金需求给联邦政府的财政体系带来了巨大压力。《莫里尔关税法案》不是为打一场重大战争筹款而设计的。在战争的惊人成本日益显露后，财政部长蔡斯不情愿地提出了进一步提高进口关税以增加收入的建议。1861年7月，众议院筹款委员会提出了新的关税法案，把咖啡和茶叶加入应税目录，并提高了食糖等奢侈品的税率。无须太多争议，共和党人控制的国会在8月通过了法案。随着政府的财政缺口继续与日俱增，国会又在当年12月再度提高税率。这些措施使得应税进口产品的平均关税率从1861年的19％提高至1862年的36％。

尽管关税得以提高，人们却很快看清，进口关税完全不足以应付北方的巨大战时开支。因此，1862年的《国内税收法案》（Internal Revenue Act）引入了广泛的国内新税种，包括所得税、遗产税，以及对国内产品和服务（如铁路和电报等）生产的高额税收。詹姆斯·布莱恩（1884，第1卷：第433页）对1862年《国内税收法案》做了如下描述：

（它）是各国政府有史以来设计得最认真、最彻底和最全面的税收体系之一。依靠烈酒、麦芽酒和烟草提供很大一部分税收收入……对棉花、羊毛、亚麻、大麻、钢、铁、石材、泥土和其他原材料的生产商按3％征税。银行、保险、铁路公司、电报公司和所有其他公司均需交税。屠户每屠宰1头牛交税30美分，1头猪为10美分，1只羊为5美分。马车、台球桌、游艇、金银器皿以及其他所有奢侈品被课以重税。所有职业和行业，除了宗教人士外，都纳入该法律的内容庞杂的条款中，需要交税获取执照。银行家与典当经纪人、律师与马匹商人、医生与甜点师、商业经纪人与小商小贩、剧场业主与街头艺人，都被一视同仁地召唤来给联邦财政部出力。

在征收国内税收的同时，国会还大幅上调了关税税则中的税率。这一修正的主要目的是平衡进口产品与国内厂商的税负，由于后者现在被直接征税，前者的税收也必须做相应调整，以免导致有利于外国厂商的歧视。为支持该法案，佛蒙特州的共和党议员贾斯汀·莫里尔陈述：“我们必须修正外国进口产品的关税，以免因为国内税收引起严重的混乱，某些物品的国内税收已超过现有的关税，我们应该做适当的补偿，否则将杀掉下金蛋的鹅……如果我们让制造商出了血，就必须看到同时采取了恰当的补救措施。”66宾夕法尼亚州的共和党议员撒迪厄斯·斯蒂文斯（Thaddeus Stevens）说得更简单：“我们希望对同类进口产品征收更多关税，这是作为国内制造商对抗外国进口的补偿。”67

该法案减少了免税目录中的品种数量，并提高了大多数进口产品的关税，没有多少争论便快速在国会通过。(www.daowen.com)

这一措施有时被称为“第二莫里尔关税法案”，其支持者指出，这一“战时关税”将是暂时性的。1862年7月，共和党占据巨大优势的众议院以69票对36票轻松将其通过。参议院紧随其后，再经过协商委员会对法案分歧的短暂协调，由林肯总统在当月晚些时候签字生效。

随着政府支出持续增加和财政赤字不断扩大，国会被迫在1864年6月采取更多税收措施，包括大幅提高国内税率，再次大幅提高进口税率，以及授权更多的联邦借款。莫里尔也再次论述，需要提高关税率补偿国内厂商因为国内税收带来的重负：

主要目标是增加来自国外的进口产品的税收，同时保护和照顾国内产品，它们带来了最大的财政收入。对于我们已习惯在国内找到的产品，应该避免它们大量地被外国产品替代……如果我们对国内制造商征收5％的税收，同时对外国制造商提高同等幅度的关税率，那它们就能保持与之前相同的相对竞争位置，双方都没有理由抱怨。68

这次的法案也同样迅速通过，几乎没有争论。正如斯坦伍德（1903，第2卷：第129页）的报道：“该措施的目标非常容易理解，实现既定目标的手段也取得了充分共识，主导政党的多数优势又如此巨大，使有关讨论显得索然无味，几乎同私人养老金法案的讨论一样简短。”众议院和参议院各自用了两天对法案展开讨论，并均以压倒性多数表决通过。到1865年4月，又小幅提升了部分进口产品的税率，其中包括棉纺织品和酒类产品等。总之，1864年和1865年关税法案使应税进口产品的平均税率到1865年提升至48％左右。

这些战时关税提升是在极少人反对的情况下采纳的。虽然部分北方民主党人对高税率颇有微词，如对消费者和商家带来的负担，匆忙起草法案时采用“粗暴而有缺陷”的办法，但增加税收收入的必要性一目了然，共和党人又在国会占据绝对支配地位，他们的反对也就无足轻重了。在陶西格（1931，第166页）看来，国会“既没有时间也没有兴趣仔细审查任何税率方案的含义和效应，最便捷而快速的计划是采纳国内厂商为保护他们自己而提出的关税率。不但在战争期间，而且在战后的几年，对高关税的所有反对情绪几乎都消失了”。

虽然有上述的大幅税率提升，但由此带来的税收收入依然只够应付战时联邦全部支出的1/5，大多数支出还得靠借款来融资。结果导致偿还巨额公共债务的需要使战后也很难降低关税和国内税率。事实上，1864年采纳的进口关税率基本上维持到了1883年。我们将看到，美国政府对财政收入的迫切需要与国会不愿意放弃由既得利益集团支持的方案，共同导致进口高关税在战后维持了数十年之久。内战的另一个后果是，联邦政府再也不像之前那样严重依赖进口关税了。战前，大约90％的联邦收入来自关税；战后，国内税收，尤其是对酒类和烟草的消费税范围显著扩大，只剩约一半的联邦收入来自关税。

林肯总统在这段时期对关税持什么态度呢？虽然人们往往把林肯描述为保护性关税的强烈支持者，他的总统报告却显示，除了考虑为战争筹款外，他其实对关税没有什么兴趣。卢辛（Luthin，1994，第629页）认为：“在1861年抵达华盛顿担任总统后，林肯只是把关税作为一种筹款的手段而已。”69林肯不太关注这段时期采纳的鼓励工业发展的非歧视性保护措施；对他而言，关税不过是实现既定目标的手段，动员必要的资金赢得战争的一种方法。卢辛（1944，第629页）还提到，“在战争时期反复给林肯提供咨询的亨利·凯里，对总统始终深入关心战争的政治和军事方面，却对关税问题缺乏兴趣颇为失望。”的确，在1865年早期凯里自己也痛苦地记录：“保护政策让林肯先生当选总统，给了他取得的全部成就，但就我所知，他却没有对此回馈过一句感激之词。”