我国以“双轨制”模式为基础已经逐步建立起了较为系统、完善的知识产权司法保护制度，但现有知识产权保护制度内部也存在一些不容忽视的具体问题，亟待解决。

1.管辖权冲突

管辖权冲突主要是因为我国三大诉讼法对一审案件规定有所不同导致的。按照我国民事诉讼法的有关规定，知识产权一审民事案件管辖权一般由中级人民法院管辖，只有少数最高人民法院指定的基层法院有权审理一审知识产权案件。但是，按照我国刑事诉讼法的有关规定，一审案件由基层人民法院管辖，只有少数法律专门规定的特殊情形才由中级人民法院管辖。因此，知识产权的刑事案件由基层人民法院管辖，一旦案件出现民事和刑事交叉的情形，就有可能出现管辖权冲突。

2.审判程序脱节

因为商标和专利需要有关行政部门授权才能得到法律保护，而商标权和专利权是否有效是知识产权民事案件的核心问题，因此，知识产权案件中民事和行政案件往往会出现交叉的情况，审判程序的脱节也由此而来。这种情况下，当事人在不同诉讼中法律地位发生改变，尤其是会出现作为裁判者的行政机关成为被告的情形，对当事人权利保护不利。而且，在司法实践中，这种交叉案件一般会先中止民事诉讼，通过行政确权程序后再来解决民事争议^[5]，在创新经济讲求效率的时代背景下，不利于权利保护和有关企业的发展。(www.daowen.com)

3.外部协调配合不足

我国知识产权保护实行的是“双轨制”保护模式，司法保护与行政保护并行。发生知识产权纠纷时，权利人可以通过两种方式获取救济。因此，不同保护制度之间的衔接与协调，对全面保护知识产权具有重要意义。但是在实践中，行政执法与司法保障却存在协调机制不顺畅的情况，这往往是因为立法规定的遗漏和不足造成的。而且，实践中还存在机关之间信息不通和协作不畅的问题，在审判中往往会让法院难以掌握行政机关的前期工作情况，从而增加审判工作的难度。

4.互联网知识产权司法保护亟待完善

互联网时代给知识产权保护带来了新挑战。互联网技术快速发展的情况下，知识产权侵权问题越来越复杂。层出不穷的网络发展模式、平台和方法，使知识产权保护的主体更加复杂，侵权行为更多，方式不断翻新，知识产权的对象则越来越广泛。但与之相对应的，是相对弱化和滞后的保护规则、方式和水平。就互联网知识产权的司法保护方面而言，因为我国现有法律并未对其作出明确的规范，造成企业和个人试图通过法律保护知识产权无章可循，法院对新技术的事实认定和法律适用也无法可依。在实践中，往往难以识别侵权主体的身份，无法遏制对知识产权的滥用，很难取得电子证据，在准确适用法律方面遇到困难。对于互联网行业的新商业模式，也因为缺乏专门的保护法律制度，导致现实中侵权行为不断发生。法律的缺失、滞后和适用困难，影响了对互联网知识产权侵权案件的打击力度。^[6]而互联网背景下智能革命会引发的现代性负面影响，更是急需采取风险措施，进行法律规制。^[7]