海外仓在快速发展的同时，也面临一些问题。

（1）海外仓竞争激烈，价格战愈演愈烈。随着海外仓企业的增多，竞争也进入白热化的阶段。在物流领域，一个需求会有十几家服务商来竞争，竞争非常激烈，在此背景下，第三方海外仓企业往往会陷入价格战的怪圈，不利于良性发展。另外，海外仓建设与管理需要高昂费用，如英、德、澳等国家海外仓工人工资最低每小时3美元，而美国的仓库工人最低每小时15美元，比我国仓库工人工资高了5倍。在仓储仓库租赁上，租金高，如德国海外仓每平方米年租金为60美元～100美元，美国的为100美元～125美元，澳洲的高至130美元，再加之其他水电等杂费，很多跨境电商企业在提供相关证明时还要缴纳高额担保金，资金压力也让企业不堪重负，甚至出现资金链不稳的风险。

（2）跨境支付不畅，资金结汇难。海外仓业务多为国外用户服务，由于国内支付品牌在海外的认知度有限，导致境外支付主要依赖Visa、万事达等国际卡。尽管我国外汇局也对跨境支付牌照进行发放，并允许第三方支付机构提供外汇资金结算业务，但从现有跨境支付平台来看，多被Visa、Master-card、PayPal等垄断。这些国际信用卡组织所设定的支付手续费率较高，如Visa每笔收取2％～3％的手续费，PayPal每笔手续费高达3％～5％，这些额外的手续费，多由电商平台或商户承担，无形中增加了支付成本。(www.daowen.com)

（3）法律监管不健全等。跨境电商海外仓建设还面临诸多法律屏障，特别是法律规范标准的差异化，国外监管体系不健全等问题。如在俄罗斯海外仓，有企业选择“灰色清关”方式，逃避正常通关手续和费用。但“灰色清关”不受法律保护，随时可能遭受俄罗斯检察机关、海关的追查。此外，一些国家针对中国跨境企业的商品制定严苛的规定，例如：巴西对中国的商品超过50美元则征收60％的关税；俄罗斯对我国免税入境包裹进行限价，超过限价部分征收30％的关税。另外，因法律制度不完善而带来的不法偷税漏税问题频发，也影响了海外仓的国际形象。