德国的高校、科研机构、企业等各类创新主体既分工明确、又优势互补，形成了高效运作的融通创新体系。

一是以功能差异化促进优势互补。德国高校尤其是研究型大学科研力量强大，研究内容覆盖全部学科，研究重点是各学科领域的理论基础研究和应用基础研究。国立科研机构体系主要由马普学会、弗劳恩霍夫协会、亥姆霍兹联合会、莱布尼茨科学联合会四大机构组成。马普学会以基础研究为主，尤其看重新的、有发展潜力又不为大学重视的研究课题；弗劳恩霍夫协会主要从事应用研究，超过70%的研究经费来自工业合同和政府资助的研究项目；亥姆霍兹联合会主要着眼于中长期科技任务，解决社会、科技和工业的重大挑战，广泛参与欧洲大科学计划；莱布尼茨科学联合会定位于问题导向、同时为社会提供咨询与服务，以研究主题多样性为特色。德国政府还推出创新集群计划，支持科学界与经济界合作，将科学创意迅速转化为新产品和服务。这一计划由弗劳恩霍夫协会负责设计并实施，从创新主体密集的地区开始，将一些既定研究课题的众多创新主体联合起来，形成从项目创意、研发、试验到产品生产完整的创新价值链，已在德国高技术领域全面推广。

二是以项目和平台促进持续稳定合作。德国采取多种方式推动创新主体建立稳定合作关系，包括共建跨主体、跨区域的合作研究中心，创立实体性合作平台，联合申请研究项目和组建临时研究单元等。目前，德意志研究联合会支持的合作研究中心达250个，支持期限最长达12年。统计表明，四大政府科研机构参与了“卓越计划”中87%的联合研究生院、89%的“卓越集群”和90%的“卓越大学”建设。马普学会与多所大学合作建立超过60个“马普国际研究院”，为有才能的青年博士生提供学习机会，其中外籍学生占2/3。联合研究项目形式在德国基础研究中占比约80%、应用研究中占比约70%。临时研究单元模式通过组建研究小组、虚拟研究所、科学家小组、研究联盟等形式，快速整合双方资源，开展某领域急需的研究，以马普学会与高校、企业联合开展的研究小组和虚拟研究所最为有名。

三是以人员互聘促进人才流动汇聚。德国法律规定，只有综合性大学享有博士学位的授予权，科研机构的科学家只能选择在大学任教或竞聘教授头衔才能指导博士生。亥姆霍兹联合会下属机构于利希中心与大学有一种互相兼职的做法，研究所的科学家到大学做兼职教授是免费的，但可以获得教授头衔和指导博士生的资格；也可以签订协议，在双方机构各工作一半时间，双方各付一半的薪水。弗劳恩霍夫协会担当领导角色的半数以上是大学教授。马普学会有超过90%的所长在大学担任教授。为加强与大学合作，还推出“马普客座研究员计划”，吸引大学教职人员，时间最长5年，在此期间可以独立领导一个研究小组。亥姆霍兹联合会与伙伴大学建立150多个青年科学家小组，为青年科研人员提供研究项目、获得终身科学雇员或大学教授资格的发展通道。(www.daowen.com)

四是以科研设施共享促进资源配置优化。德国政府鉴于高校、科研机构和企业在科学基础设施方面的明显差距，积极促进大型科学基础设施的共享，增加各创新主体的交流频次。最有影响的例子是亥姆霍茨联合会基于大型研究基础设施的资源共享，该机构运行着各研究领域约50个大型设备，每年吸引德国和世界各地6000多名科学家使用。很多优秀的科学家来到德国，主要是被卓越的研究基础设施所吸引，包括可以使用一些全球独一无二大型研究设备工作的机会。

五是以评价导向促进跨界协同创新。在德国，不同主体合作融通已成为申请经费资助和募集第三方经费的重要来源。只有协同创新才更容易获得联邦和州政府、经济界各层次的研究经费，协同程度越高就越能争取到大型项目经费。德国还通过提高有期限规定的科研岗位比例促进人才流动，有固定合同期限的人员须占机构科研人员总数30%以上。德国科学委员会2011年公布《科研成果评价与监督的建议》，强调对科研机构考核应考虑其定位，不同定位采取相应的评价标准。如以基础研究为主的马普学会，研究论文的数量与水平是重要评价指标；弗劳恩霍夫协会是应用开发型研究机构，重点看外部经费数量和构成、顾客满意度，出版物一般不纳入评价指标；亥姆霍兹联合会经费投入巨大，项目规划与管理就成为重要评价指标。