大运河在保护、开发和管理过程中出现的问题，各方面认为主要是由以下原因造成的：

认识和经验不足。各地对大运河遗产的历史文化价值认识不足、重视不够，结果“身在宝山不识宝”。北京市作为京杭大运河段的起点城市，明确提出要建设“大运河文化带”，杭州市也提出了相似的战略，并取得初步成效，但还没有上升到国家战略层面。而且，大运河作为“活态”的世界文化遗产，无论是申遗还是之后的保护，在国内都没有现成做法可循，各地普遍缺乏经验。

政策法规滞后。重视对运河文化遗产的申遗，忽视申遗成功后的政策法规跟进，是引发上述问题的另一个重要原因。大运河申遗前，国家制定了“大运河遗产保护与管理总体规划”，但申遗后文化遗产数量迅速增加、覆盖面更加广泛，规划中的有些内容已跟不上形势的变化。这几年来，国家并没有出台相关的政策措施。(www.daowen.com)

统一协调管理机制缺位。大运河沿岸省市县都建立起了河长制，但是国家层面还缺乏一个总协调机制。申遗时国家13个部门和有关省市齐心协力，申遗成功后谁来统一协调管理并没有明确，导致基层运河保护出了问题，不知道找谁管。地方各自为政，独立开发，主观性、随意性强，缺乏整体性、全局性。我国也没有设立专项大运河文化遗产保护基金，致使很多保护措施不专业、不到位，保护水平参差不齐。