2014年6月大运河正式列入世界文化遗产以来，运河沿岸掀起了一股保护与开发热潮，极大地促进了各界对运河文化遗产的价值认同，一些河段和遗产点发挥出较大的社会价值和经济效益。但同时在调研中也发现了一些值得高度重视的问题。

规划碎片化问题突出。目前各地保护、开发和管理基本上属于“切段式”的。沿岸大部分省市县，几乎一个地方一套办法，城城有规划、县县有方案，甚至一届政府一个思路。京津冀段大运河，本是南北运河的主要流经地和交汇点，是三地共兴共荣的联心之河。但三地之间并没有形成有效的协调机制，尚处于“各扫门前雪”状态。开发碎片化也非常明显。运河申遗成功后，旅游成为热线，但眼下主要仍是“点状游”，远没形成运河的“全域游”。运河文化的挖掘、展示碎片化问题同样严重。目前沿岸城市对运河历史文化的挖掘，大都停留在本地化上，运河文化带在现实中仍是一条被割裂的文化带。

轻保护问题突出。片面重视经济开发、忽视对历史文化资源的挖掘和保护，是大运河全流域面临的共性问题。甚至一些地方，完全根据开发需要来确定保护什么、不保护什么，建设什么、不建设什么。不少经济欠发达地区，更是出现了“世界级文化遗产，村镇级保护水平”的现象。在南运河某段的分洪闸北侧，有清乾隆御题石碑一座，保护措施仅是当地村民垒起的几块砖。在山东聊城举行的座谈会上，众多专家都呼吁，这样长此以往搞下去，不仅会削弱大运河的历史文化价值，还会摧毁其本身固有的经济功能和由此带来的比较优势。(www.daowen.com)

环境污染问题突出。一些运河沿岸地区申遗成功后，放松了管理，向运河倾倒垃圾、排污现象再现，并有加重迹象。受访居民称能经常见到有多条排污口向运河汇集，使得部分河段水质较差。据某地环保局2016年12月15日数据，该地某段北运河水质属于Ⅴ类水质，仅适用景观用水，连养鱼的水质要求都达不到。污染问题还与断流问题交织叠加，某地200多公里运河基本断流。当地居民抱怨说，这里的河段要么没水，要么成了人人避而远之的“臭水沟”。

管理体制不健全问题突出。在调研过程中我们发现，作为“活态”遗产的大运河缺乏一套完善、科学的分工保护管理体制，运河遗产保护属于文保部门，管理属于水利部门，开发和受益却又更多属于当地，保护、开发和管理之间存在管理理念、利益驱动等现实矛盾与冲突。有水利部门的同志表示，从运河作为正在使用的水利工程角度说，对河道改造、拓宽，实施弯道取直，是必要的；但该地文保部门同志则认为，作为世界文化遗产，对运河河道的改造、取直，是绝对不可以的。