联合国经济制裁决议使执行制裁的国家承担一种国际法上的义务，这种义务常常与执行经济制裁的国家根据其他法律文件承担的义务发生冲突。由于这种义务冲突发生的范围十分广泛，因而在此只能进行零星地列举。

最典型的实例是经济制裁决议规定的义务与WTO成员国依据《乌拉圭回合谈判最后文件》规定的义务之间的内在矛盾。发生这种义务冲突的原因是因为在当今国际社会里大部分国家不但是联合国会员国，而且是WTO成员国。根据《联合国宪章》第25条之规定，联合国成员国有义务执行安理会的决议，当然包括安理会根据《宪章》第7章通过的经济制裁决议。当安理会通过的经济制裁决议要求一个国家，特别是联合国成员国，采取经济制裁措施切断与被制裁国之间的经济贸易关系时，冲突就发生了。因为联合国成员国为履行联合国经济制裁决议规定的义务，而切断与被制裁国之间的经济贸易关系的行为，在本质上是与该国作为WTO成员国的义务相互矛盾。以WTO有关协定规定的非歧视待遇原则为例，可以清楚地看到这两种义务之间的内在矛盾和冲突。非歧视待遇原则是WTO的基本原则，它分为两个方面：一个方面是禁止在不同的外国产品或服务之间采取歧视的态度，换言之，不同的外国产品或服务在任何一个成员国境内享有同等的待遇。另一方面是禁止在本国产品或服务与外国产品或服务之间采取歧视态度，换言之，外国产品或服务与本国产品或服务应该享有同等的待遇。前者称为最惠国待遇原则，后者称为国民待遇原则。^[1]最惠国待遇原则要求所有的WTO成员国必须将不同的外国的产品或服务一视同仁，如所有的外国产品享有同等的市场准入权利，承担同等的关税义务。假设甲、乙、丙三个国家都是WTO成员国，同时也都是联合国会员国，而且甲、乙、丙三国都没有受到联合国的经济制裁，那么，丙国不但有义务允许甲国的产品或服务进入其国内市场，而且有义务允许乙国的同类产品或服务进入其国内市场。如果丙国只允许甲国的产品或服务进入其国内市场，而拒绝乙国的产品或服务进入其国内市场，则丙国就违背其作为WTO成员国的基本义务——非歧视义务。但如果联合国正在对乙国实施经济制裁，那么，安理会的经济制裁决议就会要求丙国对乙国的产品或服务采取歧视性政策。一方面，要求丙国允许甲国产品或服务进入其国内市场，另一方面，却要求丙国必须阻止乙国的产品或服务进入其国内市场。实质上就是将被制裁国的产品或服务与其他国家的产品与服务区别开来，给予不同的待遇。从理论上看，丙国采取的贸易歧视政策符合安理会经济制裁决议的要求，但却与其作为WTO成员国的基本义务背道而驰。如历史上被联合国采取过制裁措施的14个国家中就有5个国家既是联合国会员国，又是WTO成员国。这些国家包括：科威特、卢旺达、安哥拉、海地、南非。^[2]

安理会针对“诺克比空难”事件通过的第731号决议和第748号决议规定的义务与《蒙特利尔公约》规定的义务之间发生的冲突是另一个重要的实例。1988年12月21日，美国泛美航空公司103航班飞机在苏格兰诺克比上空爆炸，机上乘客无一生还。英美两国于1991年11月21日发表联会声明，要求利比亚将两名利比亚嫌疑犯交英国或美国审判，提供有关该犯罪的一切事情，并负责赔偿损失。1992年安理会通过第731号决议，敦促利比亚立刻对英美的要求做出反应。1992年3月31日安理会根据《联合国宪章》第7章采取行动，要求利比亚政府必须毫不拖延地执行安理会第731号决议，利比亚政府必须停止一切形式的恐怖主义行动和对恐怖主义集团的援助，并决定各国于1992年4月15日对利比亚实施经济制裁。看来，根据安理会的决议，利比亚负有必须交出两名嫌疑犯的义务。而利比亚认为《蒙特利尔公约》是处理该问题的唯一合适的法律依据。在本案中，美国是航空器“登记国”，英国是“罪行发生地国”，利比亚是“罪犯发现地国”。由于《蒙特利尔公约》规定的是一种“并行”的管辖权制度，因而上述三国对“诺克比空难”案件拥有平等的管辖权。利比亚作为罪犯“发现地国”，负有不引渡则起诉的义务。言下之意，如果根据《蒙特利尔公约》规定的义务，利比亚可以将两名嫌疑犯引渡给英国或美国，也可以拒绝引渡，但必须依据利比亚国内的司法程序对嫌疑犯严加审判。美国和利比亚争论的焦点是两名嫌疑犯的引渡问题，导致争论的原因恰恰是因为安理会决议给利比亚规定的“移交义务”与利比亚根据《蒙特利尔公约》所负的“不引渡则起诉”义务之间存在严重的冲突。(www.daowen.com)

通过对上述案件的分析，不难看出安理会第731号决议和第748号决议规定的义务与利比亚根据《蒙特利尔公约》所负的义务之间存在严重的差别和冲突。^[3]

这种义务冲突也可能发生在安理会经济制裁决议与一些国家契约之间。如1988年中国政府和科威特阿拉伯经济发展基金会缔结了《关于锦州港一期工程项目的贷款协定》，根据协定的规定：阿拉伯经济发展基金会向中国贷款500万科威特第纳尔，年利率为3.5%，另加收0.5%的管理费和实施费。利息和各种费用每半年收一次，从贷款之日时起算。从1990年1月1日开始分期归还本金。然而安理会于1990年通过第661号决议对伊拉克和伊拉克占领下的科威特实施全面的经济制裁。根据第661号决议的第4段之规定，所有国家不得向伊拉克政府或伊拉克或科威特境内的任何商业、工业或公用事业机构提供任何资金或任何其他财政或经济资源，并应阻止其国民及其境内任何人员从其境内转出或以其他方式提供任何这种资金或资金资源给政府或任何前述机构，阻止将任何其他资金汇交伊拉克或科威特境内的人员或团体，但支付仅为纯属医疗或人道主义目的的款项及在人道主义情况下提供食物的款项除外。中国作为联合国会员国，有义务接受并执行安理会的第661号决议，根据该决议的规定，中国应避免且阻止将任何资金或财政资源汇交科威特境内的任何人员或团体，包括科威特阿拉伯经济发展基金会。这样一来，中国根据与科威特阿拉伯经济发展基金会缔结的贷款协定所负的义务与中国根据安理会通过的第661号决议规定所负担的义务发生了冲突。前者要求中国承担于1991年1月1日起必须归还贷款利息和有关费用，以及部分本金的义务，而第661号决议却要求中国承担避免甚至阻止向科威特境内的任何人或团体，包括科威特阿拉伯经济发展基金会汇交任何资金。显然两者之间存在严重的冲突。^[4]