1.《粤港澳大湾区发展规划纲要》的出台，提供了科技创新政策的整体规划

《粤港澳大湾区发展规划纲要》针对粤港澳大湾区的整体战略定位、发展目标、空间布局、发展战略等进行了明确的规划，这为各参与城市提供了制定统一导向政策。各地区间纷纷出台相关人员、资本、平台等政策，如，鼓励港澳青年到内地学校就读，对持港澳居民来往内地通行证在内地就读的学生，实行与内地学生相同的交通、旅游门票等优惠政策；支持内地与香港、澳门保险机构开展跨境人民币再保险业务，不断完善“沪港通”“深港通”和“债券通”；支持符合条件的港澳银行、保险机构在深圳前海、广州南沙、珠海横琴设立经营机构；加强通信水平及降低资费，推动降低或取消粤港澳手机长途和漫游费。此类政策的建立与统一，将大大有利于粤港澳大湾区内部的互联互通。

2.粤港澳内部地区利益机制不同，科技创新导向型难以高度统一

在珠江三角洲城市群方面，广州、深圳两市在区位优势、资源禀赋、经济规模、经济质量或是人均产值上都很突出，但是江门、肇庆等市发展水平相对较低，且未来的增长动力不够清晰，尤其是存在农村地区科技文化水平与现代化的设施不足，传统产业功能存在着生产分散、规模过小、产业集约化程度低等问题。从港澳来看，近年来，香港经济正处于转型和寻求新发展方向的关键时期，并存在施政困难、服务业竞争加剧、创新科技缺乏根基、土地资源稀缺和发展成本上升等挑战；澳门由于博彩业“一业独大”，制约着澳门非博彩业的发展以及产业结构的多元化，缺乏发展科技创新产业的土壤。

因此，根据各地自身发展现状，难以站在大湾区的高度达成统一利益，从而导致目标导向型不强，重复建设严重。粤港澳大湾区各地政府彼此之间利益要求不同，在区域内部就会容易出现利益要求多元化的现象，无力克服和解决区域内各个城市或各行政区存在的产业结构趋同、产业布局近似、重大基础设施重复、环境污染以及市场过度竞争等问题。这种矛盾、不协调不仅导致各个城市缺乏特色与竞争力，浪费宝贵的土地和资金，阻碍区域的可持续协调发展，也会带来城市生态环境与经济发展的不协调等一系列问题，最终或将阻碍国际科技创新中心的建设步伐。

3.三地财政税制存在差异，影响湾区创新要素流动与集聚

大湾区的广东、香港、澳门跨越三个关税区，其税制实行存在很大的差异、有所冲突，影响大湾区整体协同发展。

港澳税率偏低，内地较高。关于税收制度，香港有两套税收标准，累进税率或标准税率，其中标准税率按净收入总额的15%计算，薪俸税累进税率。2018—2019年，薪俸税的边际税率由45 000港元增至50 000港元，由4个税率增至5个税率。边际税率分别调整为2%、6%、10%、14%、17%。而澳门地区税率偏低，是全球低税率地区之一，所得补充税最高只是盈利的12%，是所得补充税A组纳税人的年度亏损，可以在续后三年的盈利内扣除；自置物业办厂者，无论个人商号或有限公司组织，都可以申请豁免房屋税；不动产即使于使用的首年度已经按月摊折，第二年仍然可以将其全年摊折率增加至20%，以示优待；离岸公司更有多项税务豁免。港澳税制相比，内地的个人税率明显高于香港和澳门，如果香港和澳门居民每年在内地工作超过183天，他们必须按照内地标准缴纳个人所得税。

港澳税制优惠力度大，税制缴纳简单方便。香港应缴税的收入包括佣金、红利、约满酬金、津贴（包括教育津贴）以及其他额外津贴。退休金及因在香港提供服务而取得的收入也须课税。另外，内地居民在任何评税年度留港不超过183天，可获豁免缴纳薪俸税。相较于内地最高达45%的个人所得税以及5 000元起征点，香港最高仅为17%的税率和宽泛的征税档比较吸引人才。每名纳税人需缴纳的税款不会高于其总收入的15%。除此之外，香港政府考虑到每名纳税人有着不同的家庭负担和生计费用，比如说需要供养的老人、小孩数不同、有的纳税人是单亲家长或是伤残人士等等，因此还设置了不同的个人免税额，且免税额非常高。且每年都会有减免税的政策，还能以家庭为单位报税，若是一家人仅一人工作，所需缴纳的税几乎为零。而在广东省内，2018年以来，个人所得税可扣减子女上学、父母赡养、住房补贴、大病保险等大项金额，进行税额的减免，优惠有所普遍，但是与港澳地区仍存在差距，难以保持一致。(www.daowen.com)

因此，如何协调税收政策，打造一体化的税收改革流程，是进一步深化广东、香港、澳门合作的重要途径，进而促进大湾区的深度合作，促进区域经济合作，为大湾区经济发展注入新的动力。

4.知识产权政策不一致，成果转化机制存在差异

目前香港、澳门和内地实施不同的知识产权制度，三地在知识产权的管理体系和机制上各有不同，同时在知识产权服务资源上也是各成体系。

港澳地区与广东省对于知识产权的界定机制不一致，知识产权的享用尚未达成统一，难以实现知识产权的统一申报与转化。近年来，广东省各试点示范城市积极开展专利行政执法工作，为营造知识产权保护法制环境、促进经济发展投资环境和公平竞争市场环境提供了有力保障。广东各地积极探索并构建知识产权保护新模式，取得了长足进步。深圳修订《深圳经济特区加强知识产权保护工作若干规定》，首次出台知识产权保护类的资助政策，设立涉外知识产权维权、知识产权大数据监测等资助措施，并出台全国首个企业境外参展知识产权预警指引地方标准；珠海建立知识产权“海关易保护”机制；佛山实施“清风”计划，联合禅城区和南庄镇构建建材行业快速维权中心；中山设立远程诉讼服务处——广州知识产权法院远程诉讼服务处；汕头建立广州知识产权法院汕头诉讼服务处。各地市强化知识产权保护举措，不仅对地方整体的保护工作起到了良好的推动作用，更进一步加强了全省的知识产权保护力度。相比而言，香港、澳门高校的考核机制和知识产权政策有所差别，转化机制不同，三地之间研发成果尚未形成共创共享机制。

5.体制机制不够统一，创新要素的流动受到阻碍

粤港澳三地的资金、技术、人才等创新要素的流动效率在逐步改善，但仍面临诸多限制，主要体现在粤港澳人才资质互认、科技资金使用、通关便利化等方面。在人才方面，港澳人员在内地从事经济活动的个人身份为境外人士，就业需满足《台湾香港澳门居民在内地就业管理规定》，获取《台港澳人员就业证》和旅行证件，满足地方政府的就业许可要求，经过一系列审查后才可在内地就业，且从事国家规定的职业（技术工种）的，必须持有相应的资格证明。粤港澳三地人员在社保、医保等方面的待遇不同，也在一定程度上影响人才的高效流通。在资金方面，香港的企业、经济组织或个人到内地投资，仍然实行有关外商投资企业法律、法规及相应的程序规定，在行业准入方面受到很多限制，如对外贸易、保险业、信托投资等。

6.三地科技创新政策协同作用不强，效益不能完全体现

地区之间为争夺更多的创新要素，打造更深的创新环境，出台的科技创新政策存在过度竞争的现象，多地在协同发展的理念下可能存在地区间的竞争，造成资源的过度使用，或是创新基础设施的重复建设，导致创新效果不足。例如，广州和深圳之间长期处于各自发展状态，从科技创新方面的定位来看，广州提出要打造具有国际影响力的国家创新中心城市和国际科技创新枢纽，深圳则致力于打造全球科技产业创新中心，科技创新定位雷同，导致科技创新资源争夺、科技创新合作缺乏等问题。同时，在地区内部，政策的出台需要众多部门参与，部门之间政策的制度或实施难以协同，导致部分规定重复或最终难以落地。