1.科技创新资源分布不均，科技溢出效应较弱

目前粤港澳大湾区经济基础较好，整体创新要素丰富，创新平台和载体众多，但区域内部存在创新资源分布较不均匀和创新资源配置落差较大等问题。例如粤港澳大湾区内优质的高校资源较多落在了广州、深圳、香港，广州拥有最多国家重点实验室和国家级科技企业孵化中心，其他城市的创新要素集聚程度和创新能力虽然有所增长，但与广州、深圳、香港相比仍有较大的差距，这可能会造成交流成本的上升，从而导致科技溢出效应的减弱。

2.面临多种制度法律差异，阻碍创新要素自由流动

粤港澳大湾区目前面临着“一个国家、两种制度、三种货币、三个独立关税区和三种法律制度”挑战下如何进行跨境合作与区域协同的困境。港澳与广东省9市经济、政治、税收等制度不同，法律相异，又存在三种货币，分属三个独立关税区。制度差异可能会产生“制度门槛”，为了适应不同的制度需投入更多的人力资本和物质资源，而且制度差异可能限制部分类别商品和服务的跨区域交易，不利于区域内的人力资源、资金、信息等创新要素的跨区域流动和优化配置，直接影响各类资源与要素区域配置的效率与效益。法律体系的差异可能导致三方解决经济纠纷和矛盾争端的成本上升，从而限制三方的商品贸易和服务贸易交流。(www.daowen.com)

3.科技保护主义抬头，国际产业激烈竞争

粤港澳大湾区还面临着贸易保护主义和国际产业激烈竞争的困扰。贸易保护主义设置高关税壁垒，限制自由贸易，导致多边贸易体制受到重挫，开放进程减缓甚至停滞。随着粤港澳大湾区全面发展进程加速，其遇到的国际产业竞争的激烈程度会越来越大。目前粤港澳大湾区受到两端产业挤压。一端是价值链低端加工环节和传统制造业：随着人口出生率降低和人口老龄化，珠江三角洲地区人口红利优势逐渐消失，粤港澳大湾区会遭到东南亚等国家低人力成本优势的冲击。一端是价值链高端自主设计环节和高新技术产业：港澳地区注重金融等服务业发展而缺乏实体经济支撑，制造业比重极低；珠江三角洲地区制造业发达，但大多处于中下游价值链以及偏劳动密集型，高新技术产业起步晚、区域发展不平衡。总体而言，粤港澳大湾区价值链高端自主设计环节和高新技术产业发展与全球发达城市或区域相比存在巨大的差异。外部贸易环境的恶化和国际产业竞争的加剧，给粤港澳大湾区开放型经济发展带来一定风险和挑战。