2008年，经国务院批准，科技部、财政部、国家税务总局联合印发了《高新技术企业认定管理办法》（国科发火［2008］172号）《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火［2008］362号）后，国家税务总局高度重视，立即出台了《关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》（国税函［2009］203号），表明了税务系统干部职工对高新技术企业认定工作的支持和落实高新技术企业所得税优惠政策积极的心态。作为企业和主管高新技术企业发展的科技部门，应该感到高兴和感谢财税部门的支持和配合。在落实政策的具体操作上，企业和科技部门也要理解财税部门的苦衷，主动按照财税部门的要求，配合提供符合要求的资料，以求得优惠政策的落实。

参照西部大开发优惠政策落实需省发改委认定；技术合同免税政策落实需省科技厅认定；进口设备减免关税需省经信委认定等。因此，要落实高新技术企业所得税优惠政策，一是企业态度要积极，工作要主动，对统计口径不一致的，一定要说明文件出处。二是科技部门要主动与税务部门协调沟通，制定切实可行的操作程序。三是要适应税务系统的工作习惯，尽可能地提供清楚明白的资料，因为税务系统的职工，工作量很大，不可能有时间去查找证据材料，需要企业代为找出依据来并仔细的标明符合哪条哪款，便于税收专管员核查。由于高新技术企业认定三年资格有效，而政策享受确需每年进行。在有效期内，省科技厅不再出具审核认定意见，改为由有资质的会计师事务所出具鉴证报告。

2016年，科技部、财政部、国家税务总局又联合印发了修改后的《高新技术企业认定管理办法》（国科发火［2016］32号）和《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火［2016］195号）。根据国科发火［2016］32号通知第十条：企业获得高新技术企业资格后，自高新技术企业证书颁发之日所在年度起享受税收优惠，可依照本办法第四条的规定到主管税务机关办理税收优惠手续；第十六条：对已获得高新技术企业资格的企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并由主管税务机关追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。

这段话的意思是：要享受高新技术企业所得税优惠政策，必须通过高新技术企业认定。并获得省科技厅、省财政厅、省国税局、省地税局联合颁发的“高新技术企业证书”并在三年有效期内，这是前提条件。符合这个前提条件的企业，要落实高新技术企业所得税优惠政策，还需要每年向税务机关提交企业保持了高新技术企业资格的证明文件，税务机关对照高新技术企业条件审核，符合的，享受减免税，不符合的，提请认定机构复核。

按照《工作指引》关于复核的规定：对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应以书面形式提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。

属于对是否符合《认定办法》第十一条（除（五）款外）、第十七条、第十八条和第十九条情况的企业，按《认定办法》规定办理；属于对是否符合《认定办法》第十一条（五）款产生异议的，应以问题所属年度和前两个会计年度（实际经营不满三年的按实际经营时间计算）的研究开发费用总额与同期销售收入总额之比是否符合《认定办法》第十一条（五）款规定进行复核。

据了解，要享受高新技术企业所得税优惠政策，部分地方税务部门要求企业要先落实研发费加计扣除政策，他们依据研发费加计扣除的审计报告，可核实很多信息。(www.daowen.com)

建议企业在高新技术企业三年有效期内，每年落实研发费加计扣除政策，每年填报《企业所得税优惠事项备案表》，向税务机关递交享受高新技术企业所得税优惠政策的备案，依法享受高新技术企业所得税优惠政策。

按照《工作指引》的规定，在高新技术企业资格期满当年内，在通过重新认定前，其企业所得税暂按15%的税率预缴，在年度汇算清缴前未取得高新技术企业资格的，应按规定补缴税款。所以，企业在高新技术企业资格的到期年，要高度重视重新认定，否则年底补缴税款是分分秒秒的事。

2016年2月18日，国家税务总局关于贯彻落实《高新技术企业认定管理办法》的通知（税总函［2016］74号）指出，高新技术企业税收优惠政策是供给侧结构性改革的重要举措，是加快产业结构调整、促进经济提质增效的重要推手。优惠政策“含金量”大，社会关注度高，要求税务机关统一思想，高度重视，统筹谋划，扎实部署，建立科学有序、衔接顺畅的工作机制，既要加强内部各部门、各环节之间的配合，又要注重与科技、财政等部门的沟通，形成合力。要通过优化服务，简政放权，为纳税人享受税收优惠政策营造良好环境，降低纳税人享受税收优惠的成本，充分释放政策红利，将对企业的税收优惠转化为鼓励市场主体加大研发投入、提高创新水平的强大动力；要广泛宣传，保证企业应享尽知，确保纳税人及时准确掌握统一的政策口径；要简化备案程序，严格按照《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）的规定，认真做好所得税优惠政策备案和后续管理工作，不得以任何理由变相审批。要加强联系、信息共享，采取有效手段，对跨认定机构管理区域迁移的高新技术企业实现管理的无缝对接，降低纳税人的涉税成本。对政策执行中发现的问题，要共同研究，妥善解决，防止出现多头管理、互相推诿的现象，确保政策全面落地。这个通知的印发，特别是新的《认定办法》，取消了过去税务部门对企业的“高新技术企业”资质有凝问时，可暂时停止执行减免税优惠的权力，把“高新技术企业”资质的确定，重新收回省高新技术企业认定办公室。相信高新技术企业的优惠政策会得到更好的落实。

附：国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知（国税函［2009］203号）

第四条：认定合格的高新技术企业，自认定批准的有效期当年开始，可申请享受企业所得税优惠。企业取得省、自治区、直辖市、计划单列市高新技术企业认定管理机构颁发的高新技术企业证书后，可持“高新技术企业证书”及其复印件和有关资料，向主管税务机关申请办理减免税手续。手续办理完毕后，高新技术企业可按15%的税率进行所得税预缴申报或享受过渡性税收优惠。第五条、纳税年度终了后至报送年度纳税申报表以前，已办理减免税手续的企业应向主管税务机关备案以下资料：1.产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围的说明；2.企业年度研究开发费用结构明细表；3.企业当年高新技术产品（服务）收入占企业总收入的比例说明；4.企业科技人员占企业当年职工总数的比例说明。以上资料的计算、填报口径参照《高新技术企业认定管理工作指引》的有关规定执行。