按照《认定办法》，中介机构在高新技术企业认定中主要做好以下鉴证：一是对三个会计年度的财务报告、研发费报告；最近一个会计年度的高新技术产品（服务）收入进行鉴证，共7个报告鉴证。二是对《高新技术企业认定申请书》中表五、企业年度开发费用结构明细表（按近三年分别填报）和附件中的企业指标综合表进行鉴证。因研发费由中介机构鉴证，因此，最好“企业研发科技人员占企业职工的比例统计表”（计算企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%）也请中介机构 进行鉴证。

在进行鉴证时，有的中介机构不是按照《认定办法》《工作指引》出具鉴证报告，而是把企业的所有研发项目、所有产品全部列出来，由评定专家评判。这是不正确的。根据中国注册会计师协会印发的《高新技术企业认定专项审计指引》，注册会计师在开展高新技术企业专项审计时，因高新技术企业认定专项审计涉及较多的科学技术因素，并且申报企业管理层存在获得高新技术企业资格以降低税负的动机，所以注册会计师应当对申报企业管理层对高新技术研究开发费用与高新技术产品（服务）收入的发生、截止、分类的认定予以充分关注。当申报企业的指标接近高新技术企业认定标准时，应当特别关注高新技术研究开发费用支出的发生、截止与分类认定是否正确。在审计高新技术产品（服务）收入时，应当设计相关程序测试高新技术产品（服务）的确认标识，确认申报企业是否混淆高新技术产品（服务）收入与非高新技术产品（服务）收入的界限，是否虚增高新技术产品（服务）收入。当申报企业的指标接近高新技术企业认定标准时，应当特别关注高新技术产品（服务）收入的发生、截止与分类认定是否正确。因此，对研发项目是否属于高新技术领域、产品（服务）是否属于高新技术产品，中介机构应当具备基本的判定标准。换句话说，若中介机构不具备对研发项目是否属于高新技术领域、产品（服务）是否属于高新技术产品的基本判定，则该中介机构则不具备从事高新技术企业认定的专项审计资格。

还有的中介机构在进行鉴证时，不是根据企业的实际情况出具鉴证报告，而是根据高新技术企业的指标要求编制虚假报告，帮助企业骗取高新技术企业资格。2016年1月5日，四川省高新技术企业认定管理小组办公室发出“关于对成都某科技咨询有限公司等3家中介机构弄虚作假‘包装’高新技术企业的通报”。按照审计署成都特派办相关文件要求，经四川省高新技术企业认定管理领导小组办公室核实，发现3起中介机构弄虚作假包装高新技术企业的问题。一是四川某会计师事务所有限公司在为成都某包装制品有限公司编制2013年高新技术企业申报专项审计材料时，虚增科技人员数量，使该企业满足“科技人员占企业当年职工总数的10%以上”的高新技术企业认定条件，从而使该企业取得高新技术企业资质，决定对四川某会计师事务所有限公司予以通报批评，撤销其从2016年起三年内（2016年～2018年）参与四川高新技术企业认定专项审计的工作资格；二是成都某科技咨询有限公司在为成都某药业有限公司编制2011年高新技术企业申报材料时，为该企业提供虚假产学研合作协议，使该企业取得高新技术企业资质，决定对成都某科技咨询有限公司予以通报批评；三是四川某咨询有限责任公司在为成都某香料香精有限责任公司编制2013年高新技术企业申报材料时，为该企业提供虚假产学研合作协议，使该企业取得高新技术企业资质，决定对四川某咨询有限责任公司予以通报批评。向在高新技术企业认定中不认真履职、出具虚假报告的会计师事务所、科技中介机构敲响了警钟。(www.daowen.com)

因此，中介机构在为企业进行鉴证时，一定要认真学习中国注册会计师协会印发的《高新技术企业认定专项审计指引》和《认定办法》及《工作指引》，讲究职业道德，不出具虚假报告并指导企业完善相应的基础资料，能够接受审计署和税务部门的检查。如在对研发费进行鉴证时，要把符合要求的项目列出来进行归集。虽然在高新技术企业认定指标中强调的是“企业近三个会计年度的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合要求”，并没有强调高新技术领域，这主要是为了和研发费加计扣除政策相一致。但高新技术企业的定义是：在国家重点支持的高新技术领域内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权、并以此为基础开展经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册的居民企业。所以，研发项目最好符合高新技术领域的要求。研发费归集时，首先，要准确定义研发机构和研发人员、研发活动。并做好研发结构、研发人员上墙公示。其次，要编制项目计划书。确定项目名称时注意与《技术领域》相对应，要把研发人员合理分配到各课题组，要对新购置的研发设备编入项目计划书。第三，确定研发人员一定要有人事部通知、在劳动合同和研发项目书中体现，财务部要按课题组分别造薪酬花名册。研发人员就是科技人员，占企业当年职工总数的比例不低于10%，不能虚增，不能把公司董事长、总经理、财务人员列为研发人员（科技人员），更不能把不是研发部门的其他人员列为研发人员（科技人员）。第四，指导企业建好研发费用辅助账。这是企业最容易出问题的地方。要指导库管建立分项目领用耗材的登记台账，这是研发费最核心的辅助账。对同时承担研发任务和生产任务的部门，要能准确区分研发耗材和生产耗材，区分不清的，不能加计扣除，也不能归集为研发费。要在领取材料时分别由不同的人员领取，并在领料单上注明是生产用还是研发用。第五，在研发设备的处理上，要先把要新购置的研发设备编入项目计划书。对单台价值100万元以上的分期折旧，折旧费用进入研发费并加计扣除；100万元以下的，一次性进入研发费并加计扣除。第六，要注意指导企业写好《研发项目计划任务书》《项目研发情况效用说明》。这是企业撰写“关于知识产权的先进程度和对主要产品（服务）发挥核心支持作用的说明”的重要基础资料，也是判定技术领域是否相符、技术指标是否先进、知识产权是否全覆盖的重要参考资料，必须高度重视。在鉴证《企业指标综合表》时，职工总人数、科技人员数要用12个月平均。中介机构一定要一个一个的去核实，否则极易出现问题。

在鉴证前，一定要认真研究《企业所得税年度纳税申报表》，注意数据的一致性。