高新技术企业认定工作中出现的上述问题，已经引起了党中央、国务院的高度重视，在惜字如金的中发［2012］6号文件里，专门提出“完善高新技术企业认定办法，落实相关优惠政策”。为此，2012年12月28日，科技部、财政部、国家税务总局联合印发了《关于开展高新技术企业认定管理工作检查的通知》（国科发火［2012］1220号），决定在全国范围内对高新技术企业认定管理工作开展全面检查。

（一）对在有效期内的高新技术企业

重点检查：① 是否符合居民企业条件；② 是否将所属分支机构与总机构汇总计算相关指标，是否以分支机构单独申报；③提交的知识产权、技术领域、研发活动、产品（服务）收入、研发费用归集、人员等申请材料是否真实、准确、完整，是否符合相关规定；④ 是否按照规定及时报告了经营业务、生产技术活动等发生的重大变化信息；⑤更名企业是否按照有关规定及时办理了相关事项。

（二）对执行高新技术企业的认定条件

重点检查：

1.核心自主知识产权。包括：① 核心自主知识产权是否是本企业申报日前获得；有效期是否在五年以上；② 核心自主知识产权范围是否符合规定要求，是否具有权属证明（授权通知书或授权证书）；③ 核心自主知识产权是否对企业的主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用。

2.研发费用归集。包括：① 企业是否按规定确认研发活动并如实填报《研究开发项目情况表》；② 企业是否按规定要求设置研发费用辅助核算账目，是否按规定分项归集并填写《企业年度研究开发费用结构明细表》；③ 研发费用占销售收入之比是否符合要求；④ 企业委托外部研究开发是否符合独立交易原则，是否超标准计入研发费用总额；是否将支付的特许权使用费作为委托外部研究开发费用；⑤ 企业是否将接受委托的研发收入计入本企业的研发费用。(www.daowen.com)

3.高新技术产品（服务）及收入。包括：①对企业的主要产品（服务）发挥核心支持作用的技术是否属于《技术领域》规定的范围；② 收入是否按照规定进行归集，高新技术产品（服务）收入是否达到规定比例；③ 计入的高新技术产品（服务）收入是否与申报的高新技术产品（服务）相对应。

4.对企业人员重点检查：① 企业当年职工总数的统计是否符合要求；② 科技人员（研发人员）的统计、占比是否符合规定；③ 是否将非本企业人员、本企业非研发人员计入科技人员。

（三）对税收优惠政策落实情况

重点检查：①是否对已认定企业落实了税收优惠政策；② 在执行税收优惠政策过程中，税务机关发现企业不具备高新技术企业资格的，是否提请了认定机构复核，认定机构是否及时组织了复核；③认定机构是否对有关部门的审计、检查发现的问题进行了及时纠正、处理。

与国家强化巡视的同时，四川省高新技术企业认定办公室还通过以下途径提高高新技术企业认定质量。一是对会计师事务所从业资格进行审查（一年一审）；二是对会计师事务所从业质量组织专家进行抽查，要求有二维码，尽量减少会计师事务所乱出鉴证报告的行为发生；2015年，国家审计署在抽查某包装厂的高新技术企业资格时，发现某会计师事务所出具虚假报告，协助企业骗取了高新技术企业资格，为此，取消了该企业的高新技术企业资格，并补缴了税款和滞纳金，同时，给予该会计师事务所通报批评、黄牌警告，取消三年从事高新技术企业认定的鉴证资格。三是每年组织高新技术企业认定培训，让更多的人了解高新技术企业认定知识，接受社会监督；四是由参加高新技术企业认定评审的专家独立评审、签字画押，独立承担全部责任，增加评审专家的责任心；五是组织第三方对评审专家的评审结果进行抽查。抽查量1/3以上。2013年通过抽查就取消了15家评审专家通过评审的高新技术企业资格，2014年又通过抽查取消了40家评审专家通过评审的高新技术企业资格；六是报国家高新技术企业认定办公室备案时，国家高新技术企业认定办公室对评审结果还要进行复查。复查面1/3强，对有问题者，要求作出说明。对理由不充分者取消高新技术企业资格，2013年取消2家、2014年取消3家。七是加大了处罚力度。2015年12月8日，四川省高新技术企业认定管理小组以川高企认［2015］5号文发出通知，按照《四川省国家税务局关于提请复核成都某药业有限公司等高新技术企业资格的函》和《四川省地方税务局关于提请复核成都某精密设备制造有限责任公司高新技术企业资格的函》，经四川省高新技术企业认定管理小组复核认定，成都某药业有限公司等4家企业违反国科发火［2008］172号文件第四章第十五条第一款：“在申请认定过程中提供虚假信息的”规定，决定撤销其高新技术企业资格。2016年1月18日，四川省高新技术企业认定管理小组又以川高企认［2016］1号发出通知，认定四川省某钒钛有限公司等2家公司在经营活动中违反国家相关法律法规，有偷、骗税等行为和有环境等违法、违规行为，并受到有关部门处罚，决定撤销其高新技术企业资格。按照《认定办法》的规定，这些被撤销其高新技术企业资格的企业，须补缴已经享受的高新技术企业所得税优惠并缴纳滞纳金，企业声誉也受到了很大影响。真是赔了夫人又折兵。