2008年重新开展的高新技术企业认定，较过去而言，有以下特点：

1.上收权利，统一标准。这次高新技术企业认定，国家层面（科技部、财政部、税务总局）成立认定领导小组，制定全国统一的《认定办法》《技术领域》和《工作指引》、规定全国统一的认定标准和认定程序，批准有认定资格的专家，监督、指导各地的认定工作，不直接从事高新技术企业的认定。而具体认定工作统一由各省（或计划单列市）的科技、财政、税务部门，联合组建高新技术企业认定办公室去执行，实现了决策层和执行层，裁判员和运动员的分离。同时，省级以下的部门不再认定高新技术企业，取消了过去高新技术企业认定的级别。

2.强调了企业主体。这次高新技术企业认定，充分体现了企业主体意识。必须由企业自愿申请，凡企业不愿意申请的，均不得认定为高新技术企业。凡企业不主动提交认定材料的，也不得认定为高新技术企业。凡企业不主动到主管税务机关备案申请享受税收优惠政策的，均不得享受税收优惠政策。

3.体现了公平。这次高新技术企业认定，国家制定了7项限定条件，这7项条件具体实在、判据客观、可操作性强，企业自己对照，就能找出差距，查漏补缺。同时，通过网上申报，专家匿名评定，60个工作日完成，不需要有关部门层层推荐盖章，避免了权力寻租，体现了公平。

4.增加了自我评价。对于这次高新技术企业认定，国家先行制定了非常客观实际的标准，企业对照标准查漏补缺，自我评价，认为基本达到标准后才依程序向认定机构提出申请。自我评价、主动申请、网上办理是这次认定的一个重要特征。(www.daowen.com)

5.突出了中介鉴证。这次认定高新技术企业，强调了数据真实性，采用了有资质的第三方中介机构鉴证的国际通行办法，对企业加计扣除技术研发费，规范财务制度，加强内部管理，引导企业做大做强有十分重要的作用。参与鉴证的会计师事务所，必须是当年省高新技术企业认定办公室认可公示的会计师事务所。否则出具的专项审计报告无效。

6、实现了部门联动，认定和享受政策同步。这次认定，将过去仅由科技管理部门组织认定高新技术企业改变为由科技、财政、税务三部门联合组织认定高新技术企业，一经认定通过，企业即可享受国家规定的扶持高新技术企业发展的一系列优惠政策，实现了国家扶持高新技术产业发展的重大战略，增加了企业发展高新技术的吸引力。

7.强调了核心自主知识产权和技术研发费占销售收入的比例。这是两个一票否决指标。企业没有核心自主知识产权、没有专利，不能申请认定为高新技术企业；企业的研发投入达不到国家规定的比例，不能申请认定为高新技术企业。

8.逐步提高认定标准和要求。高新技术企业认定是国家引导企业转型发展，实现强者更强、弱者变强的牛鼻子，企业参加高新技术企业认定的过程，实质上是企业自觉不自觉实现转型发展的过程。国家根据企业转型发展的不同阶段，不断修订高新技术企业认定的条件和标准，以适应不同阶段引导企业转型发展的要求。这尤如拧瓶盖，逐步的拧紧，逐步提高高新技术企业认定的质量和水平。2008年的《认定办法》《技术领域》及《工作指引》，对统一全国高新技术企业的认定管理，引导企业转型发展，发挥了十分积极的作用。但时间已经过去了8年，全国高新技术企业认定的基础和全国经济形势已经发生了很大的变化，2008年出台的《认定办法》《技术领域》及《工作指引》，已经不适应当前进一步引导企业转型发展、增强国际竞争力的要求。为此，科技部、财政部、税务总局在充分征求专家、企业家和社会各界意见的基础上于2016年1月29日发布了新的《认定办法》《技术领域》；2016年6月22日又发布了新的《工作指引》，从2016年开始实施，很好的体现了高新技术企业认定对企业转型发展的引导功能。