申请高新技术企业认定有以下程序：

1.企业进行自我评价。企业在申请高新技术企业认定之前应认真阅读相关文件和认定标准，进行客观的自我评价。认为符合认定条件的，则可在“高新技术企业认定管理工作网”上进行企业注册登记。

2.企业进行网上注册登记。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，填写注册登记表，将填好的注册登记表发至认定机构。认定机构完成企业身份确认，并将用户名和密码通过网络告知企业。

※为使企业不因人员流动导致注册信息流失，建议企业注册的用户名为公司机构代码、密码用公司固定的某个电话号码、邮箱用公司公共邮箱，联系人手机号用公司的某个公共手机号。才能保证人员流动工作不断档。

3.企业提交认定申请。企业根据自己的用户名和密码进入网上认定管理系统，填写“高新技术企业认定申请书”发至认定机构，并将规定的申请材料提交认定机构。(www.daowen.com)

4.认定机构组织进行认定。认定机构收到企业完整的申请材料后，组织专家审查，提出认定意见，确定认定企业名单。

5.公示和颁发认定证书。经认定的高新技术企业，在“高新技术企业认定管理工作网”上公示10个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的取消高新技术企业资格；公示无异议的，报国家高新技术企业认定领导小组办公室备案（国家要抽查），备案结束后在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”（加盖科技、财政、税务部门公章）。

6.办理税收优惠手续。自认定当年起，企业可持“高新技术企业”证书及其复印件，按照《中华人民共和国企业所得税法》（以下称《企业所得税法》）及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（以下称《实施条例》）《中华人民共和国税收征收管理法》（以下称《税收征管法》）《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》（以下称《实施细则》）《认定办法》和《工作指引》等有关规定，到主管税务机关办理相关手续，享受税收优惠。

认定流程如下图所示：