上海与大都市圈的交通联系占与长三角联系需求的75％左右，但枢纽间协作还不够紧密、城际网络发展还相对滞后，重要功能节点直连直通仍未显著改善。

第一，港口及机场群国际竞争力及区域协作有待提升。上海大都市圈航空运力结构远高于城市群的经济集中度，空铁联运体系尚未形成，国际枢纽机场与周边干线、支线机场协调联动不足，枢纽机场国际旅客比重和国际连接度远低于成田机场、戴高乐机场等。上海大都市圈港口资源丰富且吞吐量处于世界领先地位，但货运附加值和港口群内部协作水平不足，且随着长江深水航道建设，下游港口靠泊条件接近，相互间竞争存在进一步加剧的可能。

第二，轨道层级缺失已成为发展进程中的突出短板。上海大都市圈区域干线走廊完善程度远超城际走廊，区域、城际、市域功能复合导致“超荷效应”，系统稳定性和可靠性水平降低。上海大都市圈轨道交通网络呈现典型的“哑铃”型结构，市域（郊）铁路建设速度严重滞后于人口、产业等要素流动，铁路网密度仅为0.03千米/平方千米，远低于东京的0.27千米/平方千米、伦敦的0.08千米/平方千米，以“高铁+地铁”的组织模式导致服务深度和广度不足，也难以满足多样化的城际出行。(www.daowen.com)

第三，铁路枢纽与城市空间耦合不足且重要节点地区缺少枢纽覆盖。上海大都市圈核心城市组织能级跨界已有突破，形成了以上海、南通、苏-锡、锡-常等多个30—50千米的通勤圈，但由于区域城际网络化发育程度严重不足，“圈域分割”导致同城化进程不协调，通勤比例还不足1％。铁路90分钟服务范围已覆盖沪宁、沪杭走廊重点城市，但高铁及城际枢纽对重要节点地区的覆盖率仅35％左右，尤其是城际枢纽的不足带来服务的“深度缺失”。