医疗卫生是中国对非援助的重要领域。中国与相关国家卫生合作交流不断深化，合作领域日益扩展，促成了一批影响大、受益广、效果好、口碑佳的早期收获项目。主要援助内容有：建设医院、医疗卫生中心和设立疟疾防治中心，派遣医疗队，培训医疗人员，提供药品和医疗物资援助等。

在援建医院和提供医疗物资方面，中国相继帮助南苏丹建设伦拜克基尔·马亚尔迪特妇女医院，在南苏丹、马达加斯加、尼日尔等国援建各类型医疗设施。根据科摩罗的实际需要，中国在科摩罗昂如昂岛援建了拥有106张床位、科室较为齐全的医院项目，同时配备螺旋CT、彩超、X光机和化验设备，安装了科摩罗第一部电梯。该医院投入运营后，一定程度缓解了科摩罗民众赴国外就医的难题，科摩罗方面将医院命名为“科中友谊医院”。中国援建几内亚的中几友好医院于2010年9月建成，总建筑面积9200平方米，拥有120个床位，被誉为当地的样板医院。此外，中国还向刚果（金）、乍得、毛里塔尼亚、马拉维等国提供抗疟药品，向乌干达、吉布提、几内亚比绍、南苏丹、马里等国提供乙肝疫苗、医疗设备和物资以及药品器械等，改善了相关国家的医疗卫生条件。

在加强公共卫生体系建设方面，中国对外援助通过援外培训、派遣专家等多种方式，提升受援国的公共卫生治理能力。在“后埃博拉”时期，中国继续帮助非洲国家建立疾病预防控制体系、公共卫生体系，加大对非洲公共卫生人才的培训力度，提高其应对突发公共卫生事件的能力。中国紧急投送移动生物安全三级实验室，在利比里亚高标准援建了拥有100张床位的埃博拉诊疗中心，中国支持塞拉利昂建立固定生物实验室、西非热带病研究与防治中心以及病毒性出血热国家参比实验室、病毒检测与生物安全国家培训中心。中国选派公共卫生专家参加联合国特使团、世界卫生组织驻非洲国家工作组。目前，中国应非盟和非洲国家邀请，参与非洲疾病预防控制中心的建设，加强实验室检测、疾病监测能力，邀请非洲医务人员来华进修，并继续派遣中国专家赴非洲国家开展工作，在疟疾、血吸虫等传染病以及妇幼健康等方面帮助非洲国家提高应对能力，支持非洲卫生体系建设。(www.daowen.com)

在巡诊方面，中国的援外医疗队是国际上唯一由政府组织派出、无偿长期提供医疗援助的援外医疗队。自1963年向阿尔及利亚派出第一支医疗队起，中国援非医疗队几乎覆盖了所有非洲国家，极大地缓解了非洲最不发达国家的医疗服务供需矛盾，提升了当地医疗卫生水平。中国援外医疗队员克服环境艰苦、物资匮乏等困难，将中国传统医药、针灸以及中西医结合的诊疗技术带到非洲最不发达国家，成功治愈了一系列疑难顽症。2013年，习近平主席在刚果（布）接见援外医疗队员时，精辟概括中国援外医疗队“不畏艰苦、甘于奉献、救死扶伤、大爱无疆”的崇高精神。除派遣长期医疗队以外，中国也通过多种形式，集合国内专科优势，派遣短期临床专家组，开展免费义诊，并且进行现场集中教学。已开展的短期临床项目涉及白内障复明、唇腭裂修复和心脏病治疗等多个领域，参与的部门和组派的形式也十分多元。以“光明行”白内障复明手术为例，不仅卫生健康委和商务部等中央部门牵头组织了多次行动，地方省区市、民间组织和企业等也充分发挥区位优势开展活动。2010年，中国“光明行”医疗队首次踏上非洲大陆，为津巴布韦、马拉维、莫桑比克以及苏丹等非洲最不发达国家的上千名白内障患者进行治疗。仅2016年，中国在苏丹、喀麦隆、刚果（布）、科摩罗、摩洛哥、毛里塔尼亚、塞拉利昂、布隆迪等12国实施援外“光明行”白内障复明手术共约5000例。