1.财政政策体系缺乏系统性

虽然近几年我国出台了许多财政政策和税收政策，并结合了一些配套措施来配合相应的清洁能源发展规划和目标使用，但财税体系的系统性和完整性仍然有待提高。许多政策都是对于某个单一清洁能源而言的，如南方电网于2009年颁布的《关于进一步支持光伏等新能源发展的指导意见》，该意见的政策内容相对单一，在随清洁能源产业整体环境变化时，不能及时改善；还有一些政策存在很大的临时性，因为是针对某个特定的项目而制定的。从总体上看，这些政策在特定时间内发挥了一些积极作用，但有时在关联性和整体性方面存在欠缺，在互补性和系统性上很难做到统一和协调，这是影响清洁能源的一个阻碍。除此之外，清洁能源政策还存在区域差异，国家层面与省级、市、县没有做到恰当的融合，并且在目标的制定上没有统一细节。而且，我国当前的优惠政策大多是对国家重点建设项目的投资，如“金太阳示范工程”，对别的太阳能工程却显得重视度不够，而且像政府采购等后期工作也没有考虑到，致使优惠政策很难实现真正支持的功能和目的。

2.资金投入不高，投资效率过低

因为与清洁能源有关的法律法规未能实现真正的系统与统一，所以政府财政资金投入未能达到最理想的效果^[29]。我国与发达国家在总体水平上还存在较大差距，并且国家层面欠缺明细的技术指标作为下发能源补贴的指导性文件，从而使市场的混乱很容易出现，很多企业为了争夺财政补贴而大动干戈，这也容易在生产环节产生混乱局面，对清洁能源产业的进一步发展十分不利。

3.领域界定不清晰，重点不明确

我国对清洁能源的定义是从2006年以来逐步明确与清晰的，在这之前，国内外对清洁能源的现状分析和理论研究也较少，这极大地浪费了国家财政补贴资金，也使清洁能源企业的健康发展受到限制。中国当下的清洁能源财政政策缺乏科学的制度标准来检验，即政府制定出来政策以后，政策实施的情况却没有效果反馈并及时改进，也没有准确的依据来支持政策的调整工作。所以，现行的清洁能源财政政策存在一些问题，如内容较单一、鼓励支持的力度与范围太小等。而且作为政策优惠的受益人，大部分是清洁能源公司，优惠的措施也相对集中在生产阶段，消费环节缺乏财政补贴的有效刺激。清洁能源的种类繁多，但基本是多个部门统一管理，各个部门缺乏高效的沟通协作，这些弊端都不利于清洁能源的健康稳定发展。(www.daowen.com)

4.财政措施形式单一，市场开发力度不够

前面已经指出，我国还未形成平行的优惠政策体制，一般来说，一种清洁能源通常只能享受一项财政优惠。这反映了清洁能源财政支持政策的单一性，产业发展得到的鼓励较为薄弱。中国的清洁能源市场需要扩大，但现行的优惠政策较集中，主要在科技研发领域，对市场开拓上的支持却跟不上，这使得清洁能源技术发展飞快，生产规模也越来越大，而市场购买力却止步不前。

5.财政政策对地方政府的激励不够

中国的清洁能源政策主要是国家层面直接颁布制定的，上级政府对下级政府的激励工作做得很少，因为下级政府的财政资金供应不足，就不会优先通过财政补贴的方式来支持清洁能源发展。要使清洁能源更快速地发展，就需要地方政府给予企业更多的财政支持，这使地方政府的负担加重。国家层面颁布的政策是从宏观角度出发的，政策体系比较零散，缺乏执行上的细则，而且缺乏对清洁能源产业发展财政补贴资金的来源和使用范围、方式等具体的划分和规定。