中国畜产食品安全问题频繁发生的原因是多方面的，但主要原因可归纳为以下三方面。

1.畜产食品生产和加工的原料不合格

原料安全水平高低与最终食品安全水平息息相关。虽然原料的某些品质差异可以在后来的食品加工过程中进行弥补，但绝大多数安全方面的品质差异是后来的食品加工根本没法改变的。因此，缺少符合食品安全要求的合格原材料，食品加工企业很难生产出优质、安全的食品。造成中国畜产食品原料安全问题的主要原因是环境污染、违禁药品的使用和饲料添加剂的不安全使用等所导致的有害物质残留等。

大气、水和土壤等环境污染，不但影响畜禽的正常生长，导致畜产品减产或者物理质量下降等，而且由环境污染导致的有害物质、违禁药品和添加剂等一旦进入动物体内，便成为动物体的组成部分，并在动物体内进一步富集。大量富集了有害物质的畜禽初级食品或食品原料，可能已经不具有食用或者加工食品的基本安全卫生要求。

虽然近年来中国的环境污染问题已经引起社会各界的广泛关注，但并没有根本改观。同时，在畜产品生产过程中，仍大量存在过量或者违规使用抗生素、违禁兽药、有害添加剂等行为。例如，为满足人们对畜产食品日益增长的多方面需求，各种饲料添加剂已经被广泛应用，但某些饲料添加剂的不正当使用或者有害添加剂的使用，已经成为导致畜产食品原料安全问题的重要原因之一。

2.畜产食品生产经营企业缺乏积极性(www.daowen.com)

市场经济条件下，企业经营的最终目标是获取利润，而获取利润最直接和最简单的办法就是提高价格或者压缩成本。但是，目前的状况是相对于同类畜产食品而言，生产安全畜产食品的成本不但远远高于不安全或者劣质畜产食品，而且安全畜产食品并不一定能获得相应的高价格。因此，由于缺少必要的正向激励，企业生产优质安全畜产食品的积极性不高。

虽然国家三令五申狠抓食品安全问题，但由于处罚力度不够等原因，违法违规生产的现象屡禁不止。面对生产不安全或者劣质畜产食品的高额利润和相对微薄的罚金而言，更多企业选择缴纳罚金之后，开足马力继续生产。反向约束不足，不但没有起到对违规生产企业的制约，反而增长了嚣张气焰。

3.畜产食品安全监管体系存在缺陷

食品安全问题给消费者所带来的伤害具有直接性、广泛性和不可逆性，使得各国对食品安全方面的管制都非常系统严格，中国在以市场经济要求转变政府职能的同时，也加强了对食品质量安全的管制，但其监管体系与保障食品安全的要求还有一定差距。尤其表现在管理体制和运行机制上存在缺陷，例如畜产食品安全管理的权限分属农业、经贸、供销、外贸、卫生、质检、工商、环保等多部门，各部门权责不清、职能交叉与分散、政出多门、很难形成合力，责任大而难办的事情容易相互推诿扯皮、造成监管真空、降低行政效率，重复监管、权力寻租等导致监管成本偏高，而且存在着标准不同，甚至有的相互冲突的问题。因此，分段与多头监管的制度缺陷难以适应食品安全全程监管的要求。监管体系存在缺陷的主要客观原因是：目前中国食品生产经营者或企业还是以小规模分散经营的家庭小作坊为主，尤其畜产食品的小规模、分散经营格局还将长期存在。