（一）小生产者与超市大零售商的矛盾

超市畜产品经营要求的商品量大，畜产品的消费者要求品种多样、品质新鲜及质量安全。当超市面对众多的小生产者采购产品时，要达到这样的要求无疑就增大了交易成本，所以只能从批发市场采购，在进货渠道相同的情形下，质量是相同的，超市的销售价格一般高于农贸市场，差异只能是超市经营费用高。付更高的费用，消费同质的产品，得到的只是购物环境的改善，使得超市难以成为大多数消费者效用最大化的选择。

（二）物流配送及冷链发展滞后

配送中心是超市生鲜食品经营的必备基础设施。我国超市生鲜食品配送中心总体来说处于缺失状态，许多超市建立了自己的物流中心或配送中心，极少有建立生鲜食品配送中心的。超市的生鲜食品配送中心更多是由原来的食品加工车间改建而成，实质上是超市生鲜经营的后场，主要经营半成品的配菜和熟食，或整理并简单包装生鲜初级产品。多数配送中心没有生鲜初级产品冷链系统。物流技术落后，致使超市大多采用自办物流方式，加大了超市生鲜食品经营的初期投入成本和长期经营风险。未整合的供应链影响信息技术的应用。如河南“农改超”的康家乐超市花200多万元安装了ERP（企业资源计划）软件系统，但由于真正的信息流、资金流、物流系统没有建立起来，使用率越来越低，因而该超市只经营半年就退出了市场。(www.daowen.com)

（三）未能普遍显现低成本的优势

超市生鲜农产品经营一般都增加了费用。这些费用增量用在设施改造、生鲜食品保鲜包装和简单加工、生产基地建设或采购、大量监视防盗设施的投入等方面。我国超市生鲜农畜产品经营引入并未普遍显现低成本、高效率的优势。