畜牧业良种繁育体系薄弱，养殖和加工技术落后，良种和新技术大多靠国外引进，自主研发创新少，科技成果转化率比较低。现代畜牧业科技推广服务体系尚没有建立健全，许多新的公益性的科技成果难以推广。

产中环节，养殖规模较小，生产率和效益较低。在肉牛养殖环节，散养户及小规模养牛户仍占主体，这种分散的小规模养殖，绝大部分是粗放式的饲养管理与经营方式，养殖环境差，科技能力不足，高耗低效，造成肉牛育肥效率低、牛肉品质差、产品缺乏竞争力。2014年，我国肉牛年出栏50头以上规模养殖比重仅为27.6%。生产基本上还是以分散饲养，非定点屠宰和集贸市场销售占主导的方式，无法形成规模化的肉牛生产体系。在奶牛养殖环节，2015年，我国奶牛的平均单产水平为6.0吨，散养和小规模奶牛养殖场的平均单产水平为5.3吨，远远低于美国、以色列等国家平均单产高于9吨的水平。由于国内较低的单产水平，以及相对高地饲料成本投入，国内原料奶生产成本平均比其他奶业主产国高出30%～50%。根据FAO统计数据，近年来中国玉米价格差不多是美国玉米价格的2.8倍，作为饲料的主要原料，较高的玉米价格显著提升了国内奶牛养殖成本，且国内奶业奶牛、冻精、苜蓿、养殖设施设备等均依靠进口。根据《全国农产品成本收益调查》，2014年我国散养和小规模养殖场每千克牛奶的总成本分别为3.27元/千克和3.18元/千克，大规模养殖场的牛奶成本为3.70元/千克，比其他奶业主产国平均高出30%～50%。

产后环节，屠宰业比重较大。从屠宰、肉制品加工业规模以上企业数量、利润和就业人数看，屠宰业增长要快于肉制品加工业。2003～2011年，屠宰业的从业人数从18.5万人增长到54万人，增长了近2倍，利润总额从17.3亿元增长到303.6亿元，增长了16倍；而同期肉制品加工业的从业人数仅增长了30%，利润总额增长了6倍，见表11。

因此，目前屠宰行业的规模、销售收入等依然高于加工业。2014年我国畜禽屠宰规模以上企业2188家，其中牲畜屠宰业1339家，禽类屠宰业849家，销售收入分别达到了5353亿元和3296亿元；肉制品及副产品加工业规模以上企业1598家，其销售总收入为4225亿元。屠宰业的进入门槛比较低，机械设备投资不大，技术要求不高，投资回报周期比较短。这就反映出我国畜牧加工业还停留在相对初级的水平。(www.daowen.com)

屠宰行业的过度集中和加工制造行业发展的相对缓慢，进一步加剧了畜产品品种结构问题。肉品结构出现“四多四少”：白条肉多，分割肉少；热鲜肉多，冷鲜肉少；散裸肉多，包装肉少；高温制品多，低温制品少。我国蛋品加工以咸蛋、松花蛋等传统蛋制品为主，其产量约占蛋制品总产量的80%，而现代蛋制品的开发不足，如：以整体形态呈现在消费者面前的松花蛋，即不符合现代人对蛋白、蛋黄营养的差异需求，也不符合大多数消费者对松花蛋白、松花蛋黄食用嗜好的差异需求，这严重影响了松花蛋制品的生产和市场的扩大。目前我国乳制品品种单一，主要以液体乳和乳粉为主。正是由于品种单一，使得乳制品市场同质化现象严重，竞争激烈。而乳酪、干酪、黄油等竞争较弱、利润较高的产品微乎其微，深加工、高科技和高附加值的产品更少。我国每年耗巨资进口干酪、奶油、奶粉等产品。

此外，养殖、加工等重要环节的链接还是不够紧密，纵向整合度不高。屠宰加工主要是从散养户或者市场上收购初级畜产品加工后进行销售，较少或者不涉及牲畜养殖环节。近年来，我国屠宰及肉类加工、乳制品加工企业向后销售环节的整合程度有所上升，但向前整合养殖环节的程度则非常低；反而是养殖企业向后加工环节的整合程度在上升。叶云等（2015）利用25家上市畜牧业企业的数据分析发现，2012年畜产品加工企业的后向整合程度达到了0.24，而前向整合程度仅0.065；养殖企业前后整合程度的差异相对较小，2012年养殖企业后向整合程度为0.2164，比2010年提高了0.48，其前向整合程度为0.1421，比2010年略有下降。

这主要有两个原因：一是养殖环节存在疫病、死亡等自然风险，投资大，回报期长；二是过去农户散养可以充分利用富余的农副产品和家庭剩余劳动力，因此生产成本相对较低，而工厂化饲养的生产成本较高。这样产业链中的养殖与加工环节相对独立，没有形成稳定的产业链。这在奶业中尤其显著。20世纪初乳制品企业迅速扩张，急需原料奶，因而在地方上争抢奶源；“三鹿婴幼儿奶粉事件”之后，国内原料奶的质量安全水平受到消费者质疑，并且生产成本不断增加，因此企业转向争抢“物美价廉”的国际奶源。2014年我国进口奶粉总量高达92.33万吨，折合原料奶738.64万吨，以同年奶牛单产5.8吨计算，相当于127.35万头泌乳牛的产奶总量，约占我国泌乳牛总量的18%，与此同时，国内奶业主产省则频现“倒奶卖牛”现象。