虽然存在很多外在的相似性，但农地承包权退出与农地流转仍存在着许多本质的不同。

第一，集体成员身份权保留与否不同。农地承包权是与集体经济组织成员身份紧密联系在一起，失去农地承包权实际上也就意味着失去了集体成员身份。但农地流转不同，虽然其承包地流转给了他人，原承包人仍然属于集体成员，仍然拥有承包权。在流转合同到期后，仍有权利接收原承包地。并且在本轮承包期结束后，其仍有继续承包耕地的权利。

第二，耕地转出对象不同。农地流转的对象可以是本集体成员，也可以是其他农村集体成员，还可以是农业经营企业。而农地承包权退出则是指该农民不再拥有承包集体土地的权利，其土地权利自然被本集体中的其他成员所分享，所以获得其土地承包权的是本集体的其他成员。

第三，所拥有的收益权不同。农地流转的收益是指农地转入者付给农地转出者的报酬，一般根据农地流转合同支付。而农地承包权退出实际上意味着退出者不再拥有农地权利，其农地权利的丧失目前仍缺乏获得补偿的有效途径，通常情况下只能是无偿放弃。(www.daowen.com)

第四，所带来的权利稳定性不同。农地流转只是将一段时期的农地经营权利转让出去，农地转出者最终仍将拿回归属于他们经营的土地，所以流转之后，经营者并不拥有长期稳定的经营权。农地承包权退出则完全不同，退出之后，农地与退出者之间不再存在任何权利归属关系，因此，权利的受让者（本集体的其他成员）获得了对于该土地的永久权利。

第五，所产生的长期影响不同。就短期而言，农地承包权退出和农地流转似乎功能相近，但从长期来看，却有着显著不同的后果。农地流转只是短期内农地权利的部分转让，农村土地权利结构和农村人地矛盾没有发生本质变化。而农地承包权退出则是农地权利的彻底丧失，意味着农村集体成员的减少和农村集体内部人均耕地的增加。因此，从长远来看，农地流转只是暂时回避了人地矛盾，农地承包权退出则有利于从根本上解决人地矛盾，为全面解决三农问题找到了可行的方案。