在农民工进城落户的过程中，一个必须面对的困难是如何处置农民工在农村的承包地和宅基地。目前的做法主要有三种方式。一是以土地换户籍。比如，洛阳市规定，“对放弃责任田和宅基地，包括只放弃责任田不放弃宅基地的进城农民，只要其责任田经乡镇政府同意，由县乡政府组建的土地使用权经营公司或其所在村的村民委员会或村集体经济组织收回，则对其进城入户政策全部放开。”与此同时，对放弃土地承包经营权和宅基地使用权进城定居的农民按每人8000—10000元标准进行补贴，只放弃宅基地使用权的农民每人补贴5000元。二是以土地换城市社保。如广东省中山市提出，鼓励各镇区开展以宅基地置换城镇住房、以土地承包经营权置换社会保障的试点工作，鼓励农民“自愿退出宅基地、流转承包地”，进入城镇或农村新型社区居住。三是保留土地进城。如成都市规定，建立户口在居住地登记、随居民流动自由迁徙的统一户籍管理制度，实现户口登记地与实际居住地一致。农民落户城市后仍可保留承包地和宅基地。

然而，上述做法都存在一些不足。首先，这些措施仅针对当地农村居民，对于如何解决户籍迁往外地的农民的土地问题仍缺乏有效的措施。其次，以土地换城市户籍或城市社会保障实质上是对农民土地权益的侵犯。在现代社会，建立公民基本社会保障已成为政府的基本职责，公民缴纳部分保费，政府财政投入则占主体。在我国，农民理应有权和城市市民一样参加基本社会保障，用农民本应拥有的权利来置换农民的农地承包权显然有失公平。再次，如果农民户籍迁出之后仍保留农地承包权和宅基地使用权，将来必然导致大量的“在外地主”（absentee landlord）现象。这些人已经不再是农民，但却每年从农村收取地租，这种状况显然不利于农业资本的积累和农村的可持续发展。所以，政府既要建立覆盖全体公民的公平的社会保障体系，放弃“以土地换户籍”、“以土地换社保”的做法，又要鼓励已经落户城市的农民工退出承包地和宅基地，使留在农村的农民获得更多的发展资源。一个兼顾这两方面要求的办法就是建立农地退出补偿机制。

建立农地退出补偿机制的首要问题是，谁有权利获得农地退出补偿？当然是退出农地的农民。出于稳定的考虑，政府不应该鼓励农民为了获得农地退出补偿而盲目放弃耕地和宅基地，只有那些获得了“退出权”的农民，即通过就业获得户籍迁移权的农民才应被鼓励退出承包地和宅基地。在剥离城市户籍福利之后，农民工落户城市的意愿会有所降低，如果农地退出得不到有效补偿，将会严重阻碍农民工市民化进程。这不仅不利于农业和农村的发展，而且，如果城市化进程不能有效减少农村人口，不能使大量的农村宅基地复耕为耕地，我国的耕地面积将随着城市化的发展而持续减少，粮食安全也将无法保证。(www.daowen.com)

但是，谁来承担农地退出补偿责任呢？一些地方成立了国有土地储备机构和农村土地整治流转机构“负责对农户退出的承包地、宅基地和农房进行补偿和处置”。但笔者不主张由政府来控制退出的农地，一是因为农地的所有权属农村集体，不能因农村集体经济组织的成员退出而改变土地的性质；二是由政府负责农地的整治和流转通常效率低下，且原集体经济组织成员无法从其他成员的退出中获得利益，不利于农民分享城市化的成果。如果退出的农地（含宅基地）仍为原农村集体经济组织所有，那些仍留在农村集体经济组织的成员就成为农地退出的受益者，他们获得了更多的耕地资源，从而有利于提高其农业经营回报，也有利于促进农业的发展。但完全由他们承担农地退出补偿费用显然也不现实，一是他们没有相应的经济实力，二是户籍制度改革不仅应有利于户籍迁移者，也要让所有农民从城市化进程中受益。一些地方政府在户籍改革中对退出耕地和宅基地的农民进行了补偿，但这些政府的目的在于获得城市扩张所需要的建设用地。城市建设用地的增加不仅有利于城市的发展，而且城市政府还能够从建设用地出让中获得巨额收益。如果当地城市政府不能从农民农地退出中获得建设用地指标，当地城市政府就会失去补偿的动力。

解决这一困境的核心在于深刻把握农地退出过程中的受益者群体。由于承包地仍留在原农村经济组织内，所以，该农村经济组织可在本轮承包期内通过承包地流转获得流转收益，对退出承包地的农户进行补偿，当然，退地农民也可对承包地自行流转以获得相应收益。对于宅基地上的附着物的价值实现，可通过转让给需要获得宅基地的农户，或者通过社区内部宅基地置换方式获得部分补偿。宅基地的复耕成本可由复耕者获得一定年限的承包权得以补偿。由于农民宅基地退出及随后的宅基地复耕是城市化进程中维持耕地总量、保证粮食安全的重要措施，对整个国家都有好处。另外，宅基地复耕增加的耕地也为城市建设用地的扩张提供了条件，那些获得新增建设用地的城市事实上也从农民的宅基地退出中获得了利益。从这个意义上来说，宅基地退出补偿由中央政府和获得新增建设用地的城市政府来承担具有其合理性。具体来说，中央政府可在新增支农支出中划出部分资金建立农村宅基地退出补偿基金，通过宅基地所在地政府对退出宅基地的农户进行补偿。获得新增建设用地的城市政府对农民工宅基地退出的补偿则可通过为落户本市的农民工提供公共服务和社会福利得以实现。