目前苏州农民专业合作社的数量已趋于稳定，整体步入规范提升阶段，在数量快速扩张的同时，农民专业合作社发展的短板和瓶颈不断显现。调查发现，存在的主要问题：

1.规范化程度还要进一步加强

一是专业合作社组织机构不健全。如部分专业合作社、农业龙头企业（公司）、家庭农场几个牌子共用，组织结构松散；有的专业合作社只设置了财务部门，没有理事会、监事会等必要的机构，没有形成社员控制的决策机制、民主管理机制和利益分配机制，发起人往往既是理事长，又是总经理，一人控制合作社，普通社员参与度低，社员入会、退会的手续也不完备，“三会”（社员代表大会、理事会、监事会）结构空有架子，并未真正发挥作用。二是股权结构不合理。一些农民专业合作社大股东掌握决策权，少数人控制情况比较突出，导致财务管理不规范，合作社报表与企业报表混用，成员账户记录不完整、盈余分配比例不合理，等等。由于财务审计人员的财务能力比较弱，财务账目的不清晰，导致社员内部之间互相不信任，影响到合作社的良性发展。三是股东风险意识不强。受传统思维影响，社员中普遍存在要权利不要义务、要分红不要风险的意识，有些社员过分注重眼前利益，存在“好则合，不好则散”的现象，甚至有的合作社利用散户谋取利益，散户依靠依托单位享受无偿服务。

2.发展能力有待进一步提升(www.daowen.com)

一是缺乏专业合作社发展的带头人。基层辅导员人才缺乏，对合作社规范考核、项目建设、资金管理等具体业务缺乏深入细致的了解，尤其是财政专项资金申报、管理越来越严，普遍感到管理难度加大、知识储备不足、存在能力不足的恐慌；专业技术类人才更是匮乏，由于城乡社会结构发生巨大变化，农村青壮劳动力大量转移，务农劳动力老龄化越来越明显，农村新型合作经济组织务工人员年龄大多在50—70岁之间，急需补充注入新生力量。二是产业层次不高，经营收入偏低。据调查，苏州实施标准化生产的专业合作社约占12%，拥有注册商标的专业合作社占比15%；创办加工实体的专业合作社占比4%，开展电子商务的专业合作社占比5%，开展休闲农业和乡村旅游的专业合作社占比5%，大部分专业合作社仅停留在种植的初级阶段，未有产品的精加工，市场竞争力低，市场融合度不高。近几年，由于外部市场的不景气，市场竞争的加剧，全市农民专业合作社经营收入呈现逐年下降的趋势。三是利益联结不紧密，承担市场风险的意识薄弱。据调查，专业合作社中统一销售农产品达80%以上的专业合作社占比43%，统一购买农业生产投入品比例达80%以上的专业合作社占比33.4%，一些专业合作社只按农产品销售量享受再分配，社员不能参与股金分红。由于缺乏有效的合作机制，利益联系不紧密，社员之间相互约束力不强，未能形成利益共享、风险共担的机制。

3.发展政策还需进一步完善

一是专业合作社融资难，财政金融支持还需要完善。有效的财政支持是合作社发展必不可少的外部条件。苏州在全省最早设立了财政专项扶持资金，对专业合作社发展起到了积极的促进作用。但在具体的操作上，存在资金使用效益不高、监管环节存在疏漏、公平公正难以保障等问题，迫切需要改进和完善。绝大多数的合作社和联合社因没有明确的法律地位，且没有合格的担保物，存在银行贷款难的问题。二是土地资源的瓶颈制约。一方面，严格的耕地保护政策使各类设施用地审批政策全面收紧，专业合作社发展新产业新业态普遍面临设施用地审批难的瓶颈，制约了专业合作社的发展空间；另一方面，土地流转合同期限偏短，与林果及农旅等合作社的产业周期不匹配，也挫伤了合作社投入的积极性。三是税费优惠落实难。由于税费优惠政策不明确，有的合作社20%的用电量执行0.5元/度的农用电价格，80%的用电量执行0.83元/度的价格，对稻米加工等年度用电量较大的专业合作社将是一笔不小的开支，制约了专业合作社进一步发展壮大。专业合作社租用土地建设的房产，由于无法办理房产证和土地证，没法向地税部门提供土地权属证明（土地证），不能办理农林牧渔业城镇土地使用税以及房产税优惠备案，专业合作社不得不交纳一笔不菲的房产税和城镇土地使用税；农民专业合作社的盈余，主要用于合作社成员的内部分配，有的地方税务部门对合作社的盈余分配征收个人所得税；税务部门对经营收入超过1000万元的专业合作社查账征税，要求必须提供正规发票才可扣缴，合作社的成员分散生产，很难提供正规发票。