灵活多样的港口经营方式是汉堡港保持活力的一个重要因素。政府的主要职能是在政策法规上对港口建设发展规划与管理进行宏观调控。政府与私人企业之间的关系主要通过汉堡港口经营者协会和汉堡市场及公共关系协会协调。汉堡港的运作很大程度上是市场化的，这大大提高了港口的运作效率，充分调动了各方资本的积极性。

汉堡港至今还没有设立港务局，这也是港口管理的主要特点之一。汉堡是德国的一个直辖市，也是一个州，汉堡州有自己的议会和政府，负责汉堡港的事务。汉堡港的日常管理由汉堡州的经济和劳工事务部负责，其主要职能包括：①制定港口的法律框架，确定港口活动方向；②规划并建设基础设施，租赁给经营者；③建设和维护港界范围内的港口基础设施，疏浚港池和港内航道；④制定港内交通规则；⑤对进出港和靠泊码头锚地的船舶，以及装卸作业进行安全管理监督包括港区消防；⑥引领进出港船舶，掌握在港与进出港口船舶的动态；⑦征收港口使用费。

汉堡港是一个鼓励港内不同公司相互竞争的港口，无论是码头集装箱或其他货种的装卸公司，还是货运代理或是提供各种服务的其他公司都是可以相互竞争的。这些经营者从汉堡州政府租用土地，负责所有上部设施的投资，包括起重机、集装箱桥吊、跨运车等机械设备，以及码头的面层及仓库、堆栈、办公楼、铁路支线、道路等其他设施。码头租用者要同时向政府支付两笔租金，即土地租用费和码头岸壁租用费。在所有公司中HHLA是最大的，它是由汉堡州政府100％控股的，但按私人方式运作，因而在汉堡港扮演着举足轻重的角色，汉堡州政府也以此来调节汉堡港的经营活动。(www.daowen.com)

治理架构方面，汉堡港“港区合一”，成立经政府授权的专门机构，负责治理和协调自由商业区的整体事务。汉堡自由港对进出的船只和货物给予最大限度的自由，这种自由贯穿货物卸船、运输、再装运的整个过程，以转口商业带动了金融、保险等第三产业的发展。