水资源的自然属性决定了按流域进行管理的管理方向。流域内的地表水具有水力联系，地表水和地下水亦相互转化，只有以流域为基础，才能实现水资源的合理配置。发展以自然流域为单元的水资源管理模式，正为世界上越来越多的国家所认识和采用。但是用户往往是分区域的，水资源建设和管理也不能脱离地区，因此目前我国的水资源管理是实行流域与区域相结合的管理模式，但是很不完善，流域管理方面的优势还没有完全发挥出来。

当今已进入21世纪，我国应逐步强化流域管理，实行国家管理与地方分级管理相结合、流域管理与区域管理相结合的管理体制。国家在重要江河设置的流域机构，具有法律赋予的权威性，代表水利部对所在流域行使水行政主管职能。

强化流域管理要明确流域机构的法律地位，建立流域水资源管理的法规，划清流域水管理和行政区水管理的事权，分离水资源权属的政府管理和水资产权属的市场化运作。继续发扬流域机构在规划、协调方面的优势，加强其水文监测、信息网络、分水监督、裁决处分、违规处罚等项功能。(www.daowen.com)

随着国家体制改革的不断深入，社会主义市场经济正在逐步建立和完善，水资源的开发利用和管理将逐步走向市场，同时，政府的调节和指导作用也必将加强，因此需要进一步建立与完善水利建设和管理的法制体系，通过制定政策、法律与规章来指导和规范各省（市、自治区）水利事业的发展，以法律的形式规定各地政府和有关部门，在水资源开发利用和管理中的各种权益、义务和责任。

通过宏观调控与市场调节相结合的方式，实现水资源的优化配置，制定与实施分水方案。要加强政府的宏观控制，实行水资源的所有权与使用权相分离制度，即在政府的统一规划与许可的管理下，水权可以有偿使用与转让，包括水资源开发经营权和使用权的交易。在中央统一指导下，明确地方各级政府在水资源管理中的职权力，充分调动各方面的积极性。