由于历史的原因和现实的因素限制，现行的水管理体制和机制尚不够健全，造成当前水管理方面还存在一些问题，概括起来主要有：

（1）水资源统一管理不力。由于职能划分不明，责权关系不清，导致为了部门或地方利益而忽视、排斥水资源的流域性和统一性。《中华人民共和国水法》规定的“统一管理与分级、分部门管理相结合的制度”含义不十分明确，以致各方面的理解不一致，在执行中矛盾层出不穷，一度造成了水资源的分割管理。尽管1998年国务院批准的水利部“三定”方案对水资源统一管理等问题作了明确界定，但这项工作还需要从立法上根本解决，全国人大对《中华人民共和国水法》的修改已提上了议事日程。

（2）流域管理薄弱。由于《中华人民共和国水法》等法律法规没有明确流域机构的法律地位和执法主体资格，使流域机构在履行水行政管理中力不从心。流域机构作为水利部的派出机构，常感到难以对其他行业及地方推行流域规划的规定，并且他们行使的职能与地方政府从事活动存在着一定的重叠，因而很难在流域内的水资源管理等方面发挥应有的作用。

（3）水资源开发利用规划缺乏约束力，规划与决策之间常常脱节。《中华人民共和国水法》对规划的实施及监督管理没有明确的规定，除明确“综合规划应当与国土规划相协调”外，对综合规划与专业规划的关系、流域规划与区域规划的关系、总体规划与局部规划的关系、水规划与国民经济发展规划的关系均未作具体明确，从而使规划在水资源开发利用中宏观调控软弱，造成违法、违规工程不断。尽管《水利产业政策》对规划的编制和实施作了较为明确的规定，但真正做到严格执行还需要从立法、执法等方面做工作。

（4）节水管理体制不健全，缺乏有效的节水激励机制。农村节水与城市节水工作也是分割管理，水价形成机制不合理，水价偏低造成水的浪费严重。目前，全国水费收入只能达到成本的40%左右。农业灌溉水利用系数仅为0.4左右；工矿企业耗水量大，工业用水重复利用率仅为50%左右。(www.daowen.com)

（5）水利建设投资管理体制还不完善。水利部门国有水利资产出资人的法律地位未确立。尽管《水利产业政策》对水利建设项目作了分类，但目前甲类项目的责任主体和乙类项目的项目法人责任制同样难以落实。水利项目市场融资难度大，国家鼓励民办水利，但还未给予相应的资金筹集政策。

（6）水行政执法机制不健全。由于缺乏执法的机制，加上思想认识上存在障碍，致使水管理受到各方面因素的干扰，有制度而执行难的问题比较普遍。河道设障严重，蓄滞洪区启用困难，人与水争地，挤占水道、围垦湖泊现象难以禁止。水土流失加剧的势头没有从根本上得到控制，水质与水量管理的脱节致使水污染仍呈扩大趋势。

（7）水工程管理没有形成正规的运行机制。防洪、排涝等公益性水工程的运行、维修、管理所需费用，缺乏正常的资金渠道，社会上也没有合理的补偿机制；灌溉、供水等有收益的水利工程设施，水费收入不到位，多数工程缺乏正常维修养护的能力；小水电工程不能与火电同质、同价，也得不到大电网的有力支持。诸如这些问题，导致水利工程普遍存在失修状况，造成效益衰减、管理人员不稳定等种种不良后果。