水利渔业从20世纪70年代末以来，克服各种困难，逐步发展。当前还存在以下问题：

1.渔业必要设施与工程同步建设亟待落实

水利渔业的投资渠道主要靠一次性周转金补助、银行短期贷款和上级主管部门划拨一次性资金扶持。由于已建的水利工程在规划、设计中一般未考虑兴建渔业设施，在工程投入管理运用后再加以补建，不仅成本加大、建设周期延长，在整体布局安排和处理库区群众关系上也增加不少难度，加上渔业设施的投资缺乏长远和稳定的投入，致使水利渔业难以及早形成一定规模的生产设施，直接影响水利渔业生产效益的正常发挥。近些年来，在水利部门的组织推动下，由水库渔业研究所会同有关流域、设计部门共同编制出《水库渔业设施配套》、《水库渔业资源调查》、《水库拦鱼技术》等规程、规范，虽已分别发布实施，但由于长期历史形成的习惯势力影响和投资渠道未能明确解决，在新建水利枢纽工程设施中，水利渔业必要的生产、管理前期设施仍难以与水利主体工程一并落实安排。

2.水库渔政管理难度加大

有的库区后靠移民原有耕地被淹、现有耕地不足、生产经营渠道不多、库区群众经济收入减少，生活困难，不少地方的水库移民一直是当地政府扶贫脱困的重点。在水库移民遗留问题未能妥善解决，水利部门未经营管理水库养鱼以前，尽管水库天然水域鱼类不多，但沿库群众自行下库捕捞却已沿袭成风。因此，在水库管理单位开展水库养鱼，向水库水域投放大规模鱼种，水库鱼产骤增后，如何与当地群众协调有计划的进行捕捞，防止沿库群众入库私自捕捞和禁止炸鱼、电鱼、毒鱼等破坏水产资源的违法违纪行为，一直是水库渔政管理的难点。在当地政府的支持下，加强法制普及教育和增进库群关系后，水库养鱼方能够正常开展。一旦某些行政领导或有关部门默许、甚至纵容移民入库私捕滥捕，则会造成库群关系紧张，水库养鱼无法正常开展。

3.水利渔业科技研究资金严重不足(www.daowen.com)

水利渔业科技不断进步、创新，是指导和保证水利渔业发展壮大的重要前提。目前水利渔业科技体系虽初步形成，但科技骨干力量不强，基层生产技术人员素质有待提高，在促进水利渔业持续发展上存在不少薄弱环节。以水库养鱼为例，在鱼苗引进、鱼种搭配、鱼饵配制、水域水质的监测和保护、成鱼捕捞、防逃设施设计，甚至商品鱼的存养等各个生产环节都缺乏严密、科学的技术规范。1990～1994年，原在小水域池塘养殖中的鱼病一度开始向南方地区的水库水域蔓延，先后波及江苏、安徽、湖南、湖北、山东、浙江等省，带来重大经济损失。水库爆发性鱼病的病源、病因不少与渔业生产中背离科学养鱼有关。诸如：养殖鱼类长期近亲繁殖，鱼苗体质下降；引进鱼苗、鱼种缺乏必要检疫；由于发展水库水域高密度养殖使网箱过多、过密，投喂鱼饲料未经发酵或化肥未经溶解即直接泼洒等等，结果使水库水质富营养化或变质，在夏季气温增高等外界因素促引下即可导致鱼病爆发蔓延。目前虽已遏止水库爆发性鱼病的发生，但如不加强科技研究资金的投入和科技骨干的普及培训及实施渔业生产规范化，类似问题必然会不断发生，从而直接影响水利渔业的发展。

4.承受农林特产税赋上有待政策扶持

1989年以来，全国各地开始征收农林特产税，其中规定鱼苗、鱼种和商品鱼均在应征之列，税率为产值的10%，名特优水产品为15%。这一税收政策在宏观调控农业生产结构上，特别是制约池塘养鱼的盲目发展上是完全必要的。但对水利渔业而言，由于基础设施投资较大，基础薄弱，在饲料价格失控而鱼价持续稳中下降的情况下，水利渔业生产的水产品经营利润一般只占产值的10%～15%，如再缴纳农林特产税，水利渔业盈利不多，就会增加承受税赋难度。近几年，国家虽有规定可以酌情减免，但因农林特产税属地方税种，各地执行时难以统一口径，致使不少地方对此仍然宜减未减或宜免未免。落实此项政策，已成为水利渔业生产单位的普遍要求。

5.水利渔业水域水质已面临污染威胁

随着国民经济的迅猛发展和城镇人口的不断增加，工业废水和城镇生活污水向江河水域排放量加大，不少地方的水库水域也先后遭受污染。如山东省莱芜县葫芦山水库（中型），因库区钢厂大量排泄钢渣、废水，水库水域中鱼类绝迹；辽宁省参窝水库（大型），水面2500hm2，建库后长期承纳本溪市工业废水和生活污水，水库水域已严重污染。据1988～1989年辽宁省淡水水产研究所现场测定，该水库的鱼体内含有酚、砷、汞、镉、铜、铅、锌等多种毒物，大多鱼类有异味而无法食用，高龄鱼含毒量尤高。