人文主义和柏拉图主义的相继兴起是否意味着经院哲学和亚里士多德主义的衰落甚至说是终结呢？早期史学界普遍认为，12世纪，随着古希腊和阿拉伯文献被翻译后在基督教欧洲的传播，亚里士多德主义在13世纪达到顶峰，但在14世纪面临危机，并于15世纪面临着柏拉图主义的挑战。其结果是亚里士多德主义只在一些保守的地方存活，并最终被现代哲学和科学所取代（Blanchi，2007）49。但事实上，人文主义的成功并不一定意味着经院哲学的衰落。在意大利，尤其是在帕多瓦和博洛尼亚的大学，我们甚至可以说经院哲学进入了第二个黄金时期。意大利发展出它自己的大学哲学传统，不仅发展出独特的哲学、形而上学、自然哲学和心理学，同时意大利经院哲学家为了应对人文主义学者的挑战，搜寻了更多正确的原文，并复兴了古希腊学者对亚里士多德著作的注释。当然，他们的研究与人文主义学者的文本和修辞研究有本质的区别。经院哲学家并不批评中世纪学者，可以说，他们是在延续或者说是复兴他们的中世纪前辈的研究。事实上，他们持续地从中世纪经院传统，尤其是托马斯主义中获得启发，并由此建立起自己在形而上学和伦理学上的地位（Hankins，2007）4。

在14世纪，亚里士多德主义确立了其在大学教育中所扮演的基础角色，将其命运与有影响的哲学和神学学派相关联，且第一次获得了教廷的明确支持。由此，其地位得到了加强，直到16、17世纪，它都是占主导地位的哲学传统。

这并不是说亚里士多德主义传统优于其他传统，也不是说它是最具创造力的或者最为重要的哲学流派，而仅仅是说，从数量上来看，它远比其他哲学传统有更为广泛的影响。仅在16世纪，亚里士多德的著作及其后世注解的拉丁文译本及地方语言译本的数量便超过了此世纪其他哲学著作的总和。就其注解来说，其数量至少是柏拉图对话的注解的20倍。不仅经院派哲学教授致力于亚里士多德主义研究，前文所提到的意大利的人文主义学者及从拜占庭到意大利的希腊语教师也在进行新的亚里士多德及其后学的著作的拉丁语翻译。从这种意义上，我们可以说，亚里士多德主义也“复兴”了。当然，人文主义学者对亚里士多德主义著作的研究带有鲜明的人文主义特点，即上文提到的强调全文的翻译及严谨的考据学方法。由此，他们批评经院学者研究亚里士多德的著作仅是为了确定一些教义，或者说仅是为了引发一些与亚里士多德没有什么关系的论题。受此影响，亚里士多德学派的学者对重构文献、抄本的辨识、正确的拼写及古希腊术语的含义及不同拉丁文本的比较研究日益重视。同时，亚里士多德文献原文结构的发展、传播等问题也成为重要的研究对象。14世纪末至15世纪30年代，大量古希腊时期亚里士多德的著作和注解被重新发现，这成为此后哲学争论的有用论据。其中对菲洛波努斯（Philoponus）注解的发现使得对亚里士多德《物理学》（Physics）和《论天》（Da Caelo）的批评更为尖锐，由此引发的关于亚里士多德自然哲学的重新思考一直持续到伽利略生活的时代（Blanchi，2007）59-60。(www.daowen.com)

与亚里士多德相关的材料的大量出版当然为其流行带来了机会，但是也带来了一些困难。在印刷术在欧洲被广泛使用的一百年内，与亚里士多德有关的著作有数千种之多。值得注意的是，这些文献中经常包括一些与亚里士多德哲学并不完全一致，甚至是反对亚里士多德主义的作者的著作。由这些文献可以分析文艺复兴时期的亚里士多德主义是如何将各种思想元素吸收至其体系之中。虽然亚里士多德主义传统一直在吸收其他哲学传统，尤其是柏拉图主义的思想，但自15世纪开始，由于亚里士多德主义获得了不同的地位，其发展更为快速。结果是，虽然在大学教育中占据主导地位，但它也很难被认为是一个哲学体系。由此，亚里士多德已失去了其在13、14世纪的唯一的伟大哲学家的地位，而成为众多哲学家中的一员。意大利人文主义学者瓦拉（Lorenzo Valla，约1407—1457）指出，亚里士多德学派的地位被高估了，他认为，亚里士多德及经院哲学中的逻辑问题有很多是伪问题。一些学者，如阿格里柯拉（Rodolphus Agricola，1443？—1485）等将这一批评进一步发展并将之转化为教育问题，还尝试在教学过程中以修辞学和辩证逻辑取代亚里士多德逻辑。对亚里士多德主义的批评不仅局限于伦理学和逻辑学，也有学者批评亚里士多德的物理学和形而上学。一些人文主义学者也攻击亚里士多德的权威性及其追随者的教条主义。这样的批评一直延续了很久，我们可以从伽利略、笛卡尔（Rene Descarte，1596—1650）、伽桑狄（Pierre Gassendi，1592—1655）的著作中看到其影响。

亚里士多德主义在文艺复兴时期以不同的方式应对其他哲学流派的挑战。亚里士多德学派的学者表现出强大的基于新问题、新发现而修正自身体系和学说的能力。一方面，新的理论和材料，尤其是数学、天文学、物理学、地理学和博物学的内容被融入其世界观；另一方面，在阐释亚里士多德思想的著作中也吸取了其他传统中的方法、问题和概念（Blanchi，2007）61-63。