无论我们如何设计和制定内部控制制度，都不可能完全避免其自身存在的局限。健全完善的内部控制制度可以合理保证会计信息的质量、财产物资的安全、企业经营目标的实现，但不可能解决企业的所有问题。不能将“合理保证”等同于绝对保证，内部控制固有的局限使其不可能成为包治百病的“灵丹妙药”。诸如人为判断失误、经办人员串通舞弊、管理者滥用职权、成本效益原则限制、偶发性事项等，都可能在一定程度上削弱内部控制的功能。

（一）人为判断

内部控制的设计者难免因知识结构、实践经验以及基础资料所限而使内部控制制度达不到应有的高度和深度，甚至留有空白点，降低内部控制的效力。内部控制的执行者也难免因不熟悉内部控制制度、误解上级的指令、注意力分散以及工作疲劳、情绪波动等降低内部控制的功能，甚至使内部控制完全失效。此外，一些基于人为判断的决策，需要通过事后的验证和反思才能发现是否正确、有效，事先设计内部控制制度时往往考虑不到或不周，也会造成内部控制的“盲点”。

（二）串通舞弊(www.daowen.com)

内部控制目的的实现，前提是经济业务的所有经办人员都能够严格执行制度规定，始终保持他们之间的相互联系、相互制约和相互监督关系。如果他们放弃了相互制约和相互监督，只保留相互联系而又存在不良动机，就会逐步产生串通舞弊行为。任何两个或多个人的串通都可能使内部控制失效，例如会计与出纳合伙挪用资金、审批人和采购员与供应商共谋销售回扣、发包人与承包人串通提高工程造价等。总之，通过集体行动规避和掩盖舞弊行为，内部控制制度将显得无能为力。

（三）滥用职权

管理者滥用职权的原因是管理者具有凌驾于内部控制制度之上的权力。国外的实践证明，即使是在具有较高诚信水平和较强内部控制意识的经济主体中，管理层凌驾于内部控制之上的现象也不可能完全避免。“管理层凌驾”(management override)是指出于个人利益或虚夸主体的财务状况或合规情况等不法企图，而拒绝执行既定的政策和程序。内部控制无论如何健全完善，都不能全面发现和彻底防范管理者特别是企业最高管理者滥用职权的现象。这种现象在我国企业里，由于法人治理结构的缺陷、所有者的缺位和经营者的功利主义而表现得尤为突出。因为我国的企业管理者多由主管部门任命，且注重政治表现而非综合素质，对经营失败者多采取“挪位”而不是“撤位”的办法。这客观上助长了企业管理者的“家长制”作风，使其逾越控制、滥用职权，将自己游离于内部控制系统或凌驾于内部控制系统之上，造成企业内部控制的疲软。