（一）园区管理体制尚不健全

我国的高新区在宏观上归国家科技部管理，具体由科学技术部火炬高技术产业开发中心负责，微观上则由各高新区管委会进行管理。管理体制大致有三种：

1．企业化管理模式

这类高新区管理机构以总公司的身份对高新区进行管理，其本身是企业性质的单位。主要通过基础设施建设，技术、资金入股等方式对高新区内的企业进行管理。这类高新区以沿海城市居多，如上海、深圳、厦门的许多高新区都采用这种管理模式。

2．行政化管理模式

这类高新区主要由当地政府设立的管委会进行行政化管理，例如苏州、青岛的高新区。

3．混合管理模式

混合管理模式是我国大部分高新区采用的管理模式，即除市政府设立的开发区管委会具有一定的管理权限外，另在园区内派驻工商、税务等机构，而园区内的社会、行政事务则由其原行政区管理。(www.daowen.com)

就政府职能而言，国外高新区发展过程中政府的职能定位更多侧重于服务，而我国的高新区由于尚处于发展阶段，因此更为侧重政府的干预、扶持作用。然而，随着二十多年的发展，政府的一些扶持、优惠政策已与高新区的发展现状不匹配，需要因地制宜进行改进。

随着高新区的发展，我国高新区管理体制上也逐渐出现各类问题，主要包括：有些高新区的管理体制向行政化管理模式转化，高新区管理机构的行政职能过强，影响到高新区的特色发展；管理机构不断膨胀，人员冗杂，园区运行机制失去活力；管理权限混乱，由于各级管理部门繁多，园区具体事务处理过程中常常受到各方制约，遇到实际问题常常各部门推诿扯皮。

而且我国高新区内企业、高校、科研机构、中介机构、管理机构等组织间的合作机制也不够完善，许多园区的风险投资机制不健全，园区自有特色的创新文化尚未形成，这些问题都导致了园区内资源配置效率低下，创新竞争力不足，并且限制了园区内创新网络的形成。

此外，园区的相关监管、管理机制也不够完善。近几年由于我国房地产的快速发展，有些地区高新区的房地产开发面积已经超过其产业开发面积，酒店、娱乐等商业配套的开发面积甚至超过了工业厂房、孵化研发楼的开发面积，也有利用优惠政策通过经营房地产来获利的，这些从长远来看将非常不利于我国高新区的发展。

（二）园区间及园区内部缺乏有效的交流、协调机制

各园区间的创新交流机制目前尚不够完善。由于我国的高新区往往是由政府主导发展起来的，许多明星企业是靠土地、税收等优惠政策吸引入园的，并非高新区自身培育起来的，这些大中型企业出于自身利益的考虑，不愿意其投入大量资金、设备、人力进行研发的产品被其他企业进行模仿与“搭便车”，倾向于将生产活动的各环节包括研发、生产、销售、服务等内部化，缺乏与园区内其他主体间的技术合作及信息交流，长此以往其会成为一个自我封闭的内部创新系统，不仅不利于企业创新思维的开拓，使其研发工作停滞，也会导致高新区创新机制的运作效率下降、创新功能僵化，不利于园区长远发展。

同时，园区内部缺乏有效的创新协调机制。一般而言高新区内部企业有主导企业与辅助企业之分，其生产的产品附加值不同，主导企业的高附加值生产与辅助企业的低附加值生产具有梯度差异。由于这种梯度差异，位于园区产业链核心的主导企业往往会凭借其技术优势和规模优势获取高新技术产业链中的大部分利润，而辅助性企业则为其进行相关副产品的生产，虽然其也随着主导产业的技术进步进行相应的产业升级，但其技术创新能力不足，仍然需要政府的宏观引导与扶持，帮助其提升至高附加值的价值链。