高新区作为我国突破发展瓶颈、增强国际竞争力的战略选择，在近三十年的快速发展中取得了许多成绩，然而由于各种原因，其仍然存在许多问题。主要有以下几方面：

（一）东、中、西部发展不平衡

我国高新区分布整体来看，东、中、西部发展不平衡，从表1．2可以看到，大量高新区分布在东部沿海地区，其次是中部各省市，西部地区的高新区最少。

由于东部地区的地理优势及区位优势，其高新区发展的基础环境优于中、西部地区的高新区。从经济实力和高新区的平均规模看，东、中、西部高新区的经济实力呈梯度递减趋势。由表7．1可以看到，我国的环渤海、长三角、珠三角地区的技术交易情况，具体分布及排名见附表E。

表7．1 2010年长三角、珠三角、环渤海地区技术交易情况

数据来源：科技部火炬高技术产业开发中心编：《2011火炬计划统计年鉴》，中国统计出版社。

从高新区的建设开发质量来看，也同样反映出东、中、西部梯度递减趋势。由表3．17的分析结果可知，我国高新区创新网络包括创新网络联系和主体知识创新能力发展状况较好的地区有江苏、北京、山东、浙江、广东、上海、广州，大部分都位于东部沿海地区，这些地区的区域创新能力也较强。由表4．2也可以看到，北京、辽宁、沈阳、长春、江苏、浙江、厦门、山东、广东、广州、海南、重庆、甘肃的高新区创新绩效评价结果连续两年整体效率值高于0．9，这些园区创新绩效好的地区中也以位于东部沿海的居多，其次是中部地区，西部地区最少。

随着国家的西部大开发政策的实施，西部地区的技术交易情况近年来有所提升，如表7．2所示。但如何通过政策调控来加强东、中、西部高新区间的合作、交流，提高中西部高新区的创新活力仍然是我国政府面临的重要问题。

表7．2 2010年东、中、西部技术交易情况(www.daowen.com)

数据来源：科技部火炬高技术产业开发中心编：《2011火炬计划统计年鉴》，中国统计出版社。

（二）产业结构趋同

我国的许多高新区都以电子信息、生物医药等作为发展侧重点，产业结构雷同的现象较严重，许多园区盲目跟风模仿，缺乏其自身发展特色及发展侧重点，造成重复建设及资源浪费，不利于区域分工的同时也不利于我国高新技术产业的多元化发展。只有根据本地区优势，有针对性的从事某些高新技术领域的项目研发，形成具有竞争力的高新技术产业，才是建设园区的上策。

（三）自主创新能力不足

我国高新区经过近30年的发展，取得了很大的进步，然而与国外高新区相比，许多园区自主创新能力仍然不足。主要表现在：

许多高新区在创建期和成长期的招商引资过程中，倾向于引进投资高、项目大的外资企业，这主要是由于引进外资的规模大小能影响园区绩效考核指标。这使得许多高新区走上了经济技术开发区的发展道路，即以引进外资为主、发展工业为主、出口创汇为主的发展方向，偏离了其发展高新技术产业的主方向，异化为经济技术开发区。

由于部分高新技术领域如航空航天、军事、海洋技术等，其具有部门垄断性或是由国家专营的，进入门槛很高，有其特殊的科研系统和生产供给渠道，民营企业想要进入这些高新技术领域很困难。此外，国家的许多科技拨款是按部门分配的，基本在各部门内部流转，较少流入民营企业。这将许多靠私营、民营企业发展的高新区排斥在外，只能进入消费品技术的狭窄范围，其产品面临的市场十分狭小，市场竞争力不强，缺乏真正意义上的高新技术自主创新。也有许多高新区企业靠为外资企业做代工、组装、营销来维持生存与发展，靠利用国内外市场及国内地区的差异，致力于高新技术产品的转手贸易来获取利润，这不仅使高新区的发展停留在低层次的恶性竞争上，并且阻碍其成长。

由于我国企业依然存在自主创新能力不足、产学研结构不合理、科研和生产脱节的现象，许多高新技术及设备都依靠国外引进，核心专利少，科技供给不能满足社会经济发展的需求。而战略核心技术靠引进和模仿是不能满足我国产业优化升级需求的，也不能解决我国经济发展面临的瓶颈，只有加强自主创新能力才能从根本上提高我国的科技竞争力。