由于大量工业废水和生活污水直接排入河道，苏州河水质早在20世纪20年代即遭污染，到1924年已不能作为饮用水源。众多的小河浜也变成臭水沟。

20世纪50年代，随着城市工业规模扩大，苏州河两岸集中了近千家工厂企业，河水污染更趋严重。黄浦江水质从50年代中期亦开始恶化，1963年黄浦江首次出现黑臭。到了七八十年代，虽然全市工业污水处理能力得到提升，但黄浦江、苏州河黑臭程度进一步加剧。苏州河因为多年来两岸的工业排污、居民生活排污，终年黑臭不堪，鱼虾绝迹，已变成一条“黑如墨、臭如粪”，不再孕育任何生命的“死河”。

新中国成立初期，上海在苏联专家帮助下拟订了《苏州河污染治理规划》，对一些重点工厂进行排查治理。1960年，中共中央对苏州河污染治理做出指示：“就地回收，充分利用”。市人民政府提出了“根治苏州河”口号，全市掀起了“向废水废物要宝，使苏州河变清”的群众运动。

1965年，就防止黄浦江水质恶化问题，提出了开展调查研究、推广废水治理好经验，工厂企业加强“三废”处理，广泛开展宣传教育等要求。1968年，市人民委员会召开万人大会，发出了“向苏州河、黄浦江污水宣战”的号召。(www.daowen.com)

20世纪70年代，根据国家确定的环境保护方针，上海以“全面规划、综合利用，化害为利，依靠群众，大家动手，保护环境，造福人民”为原则，成立了“治理三废小组”，制定了分行业治理污染的办法，还确定了全市的造纸、化纤、印染、毛麻、皮革、化工、染料、医药、食品、蔬菜、禽蛋等12个行业中的147家工厂，作为治理污水的重点单位。^[4]

1998—2009年，上海先后发起了苏州河环境综合整治一期、二期和三期工程建设。一期工程（1998—2002）主要实施以消除苏州河干流黑臭以及与黄浦江交汇处的黑带为主要目标；二期工程（2003—2005）主要实施以稳定水质、环境绿化建设为目标；三期工程（2006—2008）主要实施以改善水质、恢复水生态系统为目标。在长期持续不断的治理下，苏州河干流在2000年基本消除黑臭，苏州河两岸也成为居民休闲、观光、晨练的好去处。

在《中共上海市委关于制定上海市国民经济和社会发展第十个五年计划的建议》中，提出“以苏州河治理为重点，带动中小河道整治，加强水源地保护，明显改善水环境质量”。此后相继对中心城区、郊区的黑臭河道进行了整治。“十一五”期间，水环境治理向郊区农村拓展，启动了郊区“万河整治行动”，还对农村百姓房前屋后的小沟小河进行整治。