1.近岸海域污染监控防治工作仍有待加强

上海市近岸海域污染较为严重，沿岸海域长期处于严重富营养化状态。除了长江入海污染量大这一主要原因外，上海本地陆源入海污染源监管尚不到位也是原因之一。《中华人民共和国海洋环境保护法》第三十条规定，入海排污口必须报环境保护行政主管部门备案。2017年底，国家海洋督察组对上海开展围填海专项督察工作时指出，由于长江河口海域划界不明确，上海市有些离岸排放入海排污口并未依法办理用海审批手续。

《中华人民共和国海洋环境保护法》第四十条要求，沿海城市人民政府加强城市污水的综合整治。上海虽然在全力推进城镇污水处理厂的提标改造，但总体进度有些滞后，目前有些城镇污水处理厂仍未完成提标改造，尚未达到一级A排放标准。

《中华人民共和国海洋环境保护法》第十四条规定的环境监测制度也未全面落实，部分入海排污口、排涝泄洪口尚未实现监测的全覆盖。《中华人民共和国海洋环境保护法》第七十三条明确要求，对向海洋超标准排放污染物的行为应当采取罚款、责令停业、关闭等各种惩治措施，但上海市有关部门执法力度时有不到位的情况，致使企业超标入海排放行为未得到及时制止。

2.海洋生态保护区建设及资源管控工作落实不到位

目前，上海市的自然保护区有金山三岛海洋生态自然保护区、长江中华鲟自然保护区、九段沙湿地国家级自然保护区、崇明东滩鸟类自然保护区等。然而，与海洋生态相关的保护区只有金山三岛海洋生态自然保护区，因此，上海还需加强对海洋生态保护区建设的重视程度，增加全市海洋生态保护区与海洋特别保护区的数量。

此外，在推进自然保护区建设和实施生态红线规定的过程中，上海也还存在管理和执法不到位的情形。《中华人民共和国海洋环境保护法》第四十七条、第四十八条对海洋工程建设项目的环评审批和环保设施使用提出了明确要求，但上海市个别新建或扩建的港口码头、采砂、滩涂整治等项目未办理相关手续，未依法开展海洋工程环境影响评价。有些滩涂整治项目未按照环境影响评价要求落实环境监理、跟踪监测、生态修复、生态补偿等环境保护措施。政府监管部门事中、事后监管亦不到位，未及时开展相关监督检查，督促法律规定和环境评价要求的有效落实。(www.daowen.com)

3.海岸生态系统修复工作重视不够

由于长期以来城市建设对沿海生态系统的影响，上海市海洋生态系统受损严重，修复工作迫在眉睫，其中海岸生态问题尤为显著。根据上海市海洋局2014年6月的检测显示，上海市大陆海岸线全长213.05千米，其中杭州湾北岸段长90.62千米，长江口南岸段长122.43千米。由于上海市海岸线天然地理位置不佳以及人为开发利用，自然岸线保有率仅有12%，远低于国家海洋局印发的《海岸线保护与利用管理办法》中提到的全国自然岸线保有率不低于35%的要求。

在立法与制度建设方面，海岸带法治建设也有待加强，海岸线严格分类管理及相关执法工作仍不到位。虽然各部门在海岸线管理方面已经建立了一定的协调机制，但海岸带管理工作交叉重叠问题仍然存在，需继续做好不同部门间的融合与衔接，理顺管理体制和机制。

4.长江流域、河口海域协同治理有待加强

上海作为长江和杭州湾的入海区域，河口部分水域和海域重叠，实际管理中存在职能交叉和法律适用冲突问题。例如，重叠区域的排污口管理，适用《中华人民共和国水污染防治法》或《中华人民共和国海洋环境保护法》会有不同的要求。同时，由于长江口河口海域未明确划界，是否纳入海域管理还存在争议。例如，有的滩涂整治项目仅按规定缴纳滩涂使用费，并未按海域管理缴纳海域使用金。

上海地处长江流域最下游，上游来水水质对上海市近岸海域海水环境质量存在重要影响。尽管长江入海水质处于Ⅲ类水质的水平，但入海污染的总量相当惊人，远超上海近海海域的承载能力。根据长期跟踪监测结果显示，上海市陆源入海污染物总量（化学需氧量、总氮、总磷、重金属等）仅占长江等上游下泄污染量的4%～5%，入海河流全流域协同治理亟须进一步加强。如果不加强长江全流域的污染防治，长江口近海生态环境质量难以从根本上得到改善。